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Minet, Julien ULiege

Scientific conference (2017, October 10)

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Peer Reviewed
See detailSCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering
Aibar, Sara; González-Blas, Carmen Bravo; Moerman, Thomas et al

in Nature Methods (2017), 14

We present SCENIC, a computational method for simultaneous gene regulatory network reconstruction and cell-state identification from single-cell RNA-seq data (http://scenic.aertslab.org). On a compendium ... [more ▼]

We present SCENIC, a computational method for simultaneous gene regulatory network reconstruction and cell-state identification from single-cell RNA-seq data (http://scenic.aertslab.org). On a compendium of single-cell data from tumors and brain, we demonstrate that cis-regulatory analysis can be exploited to guide the identification of transcription factors and cell states. SCENIC provides critical biological insights into the mechanisms driving cellular heterogeneity. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailPhysico-chemical Approach for Characterising Probiotics: example of High Concentrated Multistrain-Based Formulation
Razafindralambo, Hary ULiege; Delvigne, Frank ULiege; Blecker, Christophe ULiege

Poster (2017, October 09)

Probiotics are receiving today unprecedented growing interests in Europe, Asia, and in the rest of the world. Their applications are not only limited to food and health sectors, but cover also agriculture ... [more ▼]

Probiotics are receiving today unprecedented growing interests in Europe, Asia, and in the rest of the world. Their applications are not only limited to food and health sectors, but cover also agriculture and aquaculture areas. The quality of probiotic products depends on many factors such as, the properties of each individual strain and its proportion in mixed products, the viable probiotic dose, and other selective ingredients like prebiotics and protectant agents incorporated into the formulation. Several strategies are employed for ensuring high product qualities, which can be controlled by different methods and techniques. To date, the physico-chemical approach for characterizing and controlling probiotic qualities and performances appears very attractive, but less exploited. It particularly consists in characterizing probiotic products in terms of thermal, surface and colloidal properties, which could be correlated to probiotic viability and functionalities. In this communication, we report the efficiency of such an approach when applied to a high concentrated multistrain-based formulation which has been shown a metabolic variability impacting on the inflammatory response, depending on the production site. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailThe LNQ25 and ELN PVT Metrics Exhibit a Good Sensitivity to Sleep Deprivation and are Independent from the Subject
Latour, Philippe ULiege; Van Droogenbroeck, Marc ULiege

Poster (2017, October 09)

Introduction Performance of people undergoing critical tasks (like driving) may be impaired completely by the lowering of their vigilance level, due to sleep deprivation for instance. This reduction of ... [more ▼]

Introduction Performance of people undergoing critical tasks (like driving) may be impaired completely by the lowering of their vigilance level, due to sleep deprivation for instance. This reduction of performance may be measured by metrics computed from the reaction times (RT) recorded during a 10min Psychomotor Vigilance Test (PVT). Here, we analyze and compare the sensitivity to sleep deprivation and the subject dependent variability of the PVT metrics performance, with a special emphasis on the time interval sizes. Materials and Methods Individuals (22 volunteers; 11 males, 11 females, mean 22.2y., range 19-34 years) follow an uninterrupted 28h sleep deprivation standard PVT protocol during which they achieved two groups of three PVT sessions (in different conditions). The first PVT of each group is in Non-SDP condition (9h30 and 10h30 Day 1) and the second and third PVT of each group are in SDP condition (2h30, 3h30, 10h30 and 11h30 day 2). The subjects fill a sleep journal during the week before the experiment. We checked that they had a normal sleep-wake cycle with no sleep deprivation, jet-lag or shift work and no medication. During the PVT of the first group, the subjects were wearing the glasses of the Phasya’s Drowsimeter. We compute the usual PVT metrics; meanRT, meanRS (Reaction Speed) and LN500 (500ms lapses number). We also compute LNQ25 (adaptive lapses number computed with a subject dependent threshold) and ELN (Expected Lapse Number, computed from a subject-dependent estimation of the lapse probability). Results We use the “Effect Size” (ES, ratio of the mean by the standard deviation of the difference of metrics in the SDP and Non-SDP conditions) to assess the sensitivity to sleep deprivation. For the 10min (resp. 1min, 3min) interval, the ES of LNQ25 and ELN are respectively 1.38 (resp. 0.95, 1.22) and 1.35 (resp. 0.85, 1.14), the ES of meanRS, meanRT and LN500 are 1.23 (resp. 0.91, 1.09), 0.81 (resp. 0.54, 0.68) and 0.85 (resp. 0.63, 0.77). We classify the intervals on which metrics are computed as SDP or non-SDP. We use a fixed threshold for the metrics, independent of the subject. In the ROC curves, the TPR (for a FPR of 10%) assesses the quality of the classification, and then also the subject independence. For the 10min (resp. 1min, 3min) interval, the TPR of LNQ25 and ELN are respectively 0.86 (resp. 0.56, 0.75) and 0.83 (resp. 0.58, 0.75), the TPR of meanRS, meanRT and LN500 are 0.42 (resp. 0.38, 0.41), 0.40 (resp. 0.39, 0.40) and 0.42 (resp. 0.24, 0.30). Conclusions We demonstrate that LNQ25 and ELN enable a quite good classification of the SDP condition for time intervals greater than or equal to 3min, independently of the subject. On the other hand, these metrics provide also a good sensitivity to sleep deprivation. They outperform the usual metrics for both criteria. For time intervals below 3min, the performances degrade first progressively and then much more quickly below 1min. [less ▲]

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See detailLe Grand Chemin du Luxembourg
Hurdebise, Quentin ULiege

Conference given outside the academic context (2017)

Dans le cadre des activités de l'Année Patrimoniale , le dimanche 8 octobre de 16h à 17h30 à l'église Saint-Jacques (Fossse), Quentin Hurdebise fait redécouvrir l'histoire du Grand Chemin du Luxembourg ... [more ▼]

Dans le cadre des activités de l'Année Patrimoniale , le dimanche 8 octobre de 16h à 17h30 à l'église Saint-Jacques (Fossse), Quentin Hurdebise fait redécouvrir l'histoire du Grand Chemin du Luxembourg connu notamment pour le transport des écorces de chênes qui l'empruntait en direction de Stavelot et de Malmedy. Quentin revient sur l'histoire de ce chemin, le contexte dans lequel il a pu naître, les différents noms qui lui sont attribués, ainsi que les différentes curiosités naturelles et historiques qui le jalonnent (faune et flore, maisons et personnages célèbres, croix et monuments, Observatoire Terrestre de Vielsalm, etc.). [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailInefficacy of autologous bone marrow concentrate in stage three osteonecrosis: a randomized controlled double-blind trial
HAUZEUR, Jean-Philippe ULiege; De Maertelaer, Viviane ; BAUDOUX, Etienne ULiege et al

in International Orthopaedics (2017)

Purpose The fracture stage of non-traumatic osteonecrosis (ON stage 3) of the femoral head (ONFH) has an unfavourable prognosis frequently requiring total hip replacement (THR). The percentage could be ... [more ▼]

Purpose The fracture stage of non-traumatic osteonecrosis (ON stage 3) of the femoral head (ONFH) has an unfavourable prognosis frequently requiring total hip replacement (THR). The percentage could be lowered after core decompression. In earlier non-fracture ON stages, implantation of autologous bone marrow aspirate concentrate (BMAC) improved the effect of core decompression. The purpose was to evaluate the effect of BMAC in addition to core decompression in stage 3 ONFH. Methods A double blind RCT was conducted comparing two groups: core decompression plus saline injection or core decompression plus BMAC implantation. Both patients and assessors were blinded to the treatment assignments. Evaluations were done at baseline, three, six, 12, and 24 months, including pain (VAS), WOMAC, side-effects, radiological evolution including ARCO subclassifications, together with possible THR requirement. The primary endpoint was the need for THR. The second endpoints included the clinical symptoms such as pain and functional ability and the progression of the ON lesions as well as the appearance of osteoarthritis features (ARCO stage 4). Both groups included 23 hips (19 patients). Results No differences were found between the groups for THR requirements, clinical tests, and radiological evolution. In both groups, 15/23 hips needed THR. The radiological evolution of the ONFH lesions in term of location, extension, surface collapse, and dome depression was moderate in both groups and was not correlated with the need of THR. Conclusions Implantation of BMAC after core decompression did not produce any improvement of the evolution of ONFH stage 3. [less ▲]

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See detailLa présence des techniques du journalisme d'investigation dans la presse jeu vidéo spécialisée
Krywicki, Boris ULiege

Scientific conference (2017, October 07)

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See detailLa voix dans tous ses états. Couleurs vocales: entre voix parlée et voix chantée
Morsomme, Dominique ULiege; Gaspar, Martine

Conference given outside the academic context (2017)

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Peer Reviewed
See detailAteliers de (dé)construction de jeux vidéo: une question de démocratie culturelle
Hurel, Pierre-Yves ULiege; Verbesselt, Maxime

Conference (2017, October 07)

Entre août et octobre 2016, l’asbl Arts&Publics, en association notamment avec Action Média Jeunes, a organisé un atelier de création de jeux vidéo déconstruisant la théorie du choc des civilisations ... [more ▼]

Entre août et octobre 2016, l’asbl Arts&Publics, en association notamment avec Action Média Jeunes, a organisé un atelier de création de jeux vidéo déconstruisant la théorie du choc des civilisations (Huttington 1997). L’expérience s’est déroulée en trois phases pour un total de 107 heures et a réuni une quinzaine de participants, presque tous néophytes en programmation et pour certains en terme de jeux vidéo. La première phase, pilotée par le philosophe et écrivain Roland De Bodt, a consisté à introduire la thématique, à la discuter et à analyser ses applications vidéoludiques. La deuxième étape était une initiation à l’utilisation du logiciel Construct 2, qui facilite la création de jeux vidéo. Enfin la dernière phase était celle de la réalisation, et s’est déroulée sous forme de game jam. Cet atelier expérimental a abouti à la création de sept prototypes de jeux vidéo (disponibles sur rivesdeurope.org) par les participants. Ces derniers avaient entre 15 et 55 ans et des profils relativement diversifiés : étudiants, travailleurs sociaux, éducateurs, militants politiques, etc. Chaque jeu se veut être l’expression personnelle de ces personnes quant à la thématique centrale. Nous voudrions, dans le cadre de cette communication, exposer et évaluer la méthodologie qui a été expérimentée, à la croisée de l’éducation aux médias et de la médiation culturelle. L’idée était d’inciter les participants de l’atelier à s’approprier des éléments de la culture vidéoludique, en particulier la rhétorique vidéoludique. Dans cette optique, nous avons opéré un balancier constant entre, d’une part, l’analyse d’œuvres à déconstruire, d’autre part, la projection de jeux à construire. Cette méthodologie s’appuie notamment sur un travail de recherche sur la création amateur de jeu vidéo (Hurel 2017) qui met en lumière comment l’appropriation se nourrit de la reproduction et la modification des éléments saillants dans les jeux expérimentés. La démarche exposée consiste ici en la mise en place d’un cadre lâche dans lesquels les participants sont invités à s’exprimer librement sur une thématique, sans être nécessairement eux-mêmes des amateurs de jeux vidéo. Cette expérimentation cherchait à élargir le champ de la culture vidéoludique entendue comme un rapport de force (Shaw 2010) sur plusieurs niveaux et a été conçue comme dispositif favorisant la démocratie culturelle (Chatzimanassis 2013). D’abord, partant du principe qu’il y a lieu de favoriser l’hétérogénéité des personnes ayant accès à la création de jeux vidéo (Anthropy 2012), nous avons ouvert l’atelier à toute personne curieuse. Ensuite, les prototypes créés devaient participer à une double redéfinition performative : ils affirmeraient la capacité d’amateurs à s’emparer du jeu vidéo comme média d’expression citoyenne tout en proposant d’autres points de vue que celui du choc des civilisations. Cette initiative entend donc appuyer la montée en puissance des amateurs (Flichy 2011) dans un cadre qui ne soit pas exclusivement celui d’une convergence entre industries culturelles et publics (Jenkins 2006). En partageant ce retour d’expérience, nous souhaitons enfin appeler les institutions culturelles et les acteurs sociaux à s’approprier le jeu vidéo comme moyen d’expression. Bibliographie Anna Anthropy, Rise of the Videogame Zinesters, Seven Stories Press, 2012. Chatzimanassis Alice, « Démocratisation de la culture et démocratie culturelle à partir de l’exemple québécois », Comité d’histoire du ministère de la Culture et de la Communication, Centre d’histoire de Sciences-Po Paris, La démocratisation culturelle au fil de l’histoire contemporaine, Paris, 2013. Patrice Flichy. Le sacre de l’amateur. Sociologie des passions ordinaires à l’ère numérique, Paris, Seuil, 2010. Samuel Huntington, Le Choc des civilisations, Éditions Odile Jacob, Paris, 1997. Pierre-Yves Hurel, « Le passage du jeu à la création : le cas du jeu vidéo amateur », Sciences du jeu, 7, 2017 (sous presse). Henry Jenkins, La culture de convergence, Paris, Armand Colin, 2013. Adrienne Shaw, « What Is Video Game Culture? Cultural Studies and Game », Games and Culture, 5, pp. 403–24, 2010. [less ▲]

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See detailSelf et perspective en première personne
Englebert, Jérôme ULiege; Monville, François

Conference (2017, October 06)

Detailed reference viewed: 32 (7 ULiège)
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Peer Reviewed
See detailDrepakis : Contribution to the management of Sickle cell disease in the city of Kisangani (D.R. Congo)
Marini Djang'Eing'A, Roland ULiege; Batina Agasa, Salomon; Gulbis, Béatrice et al

Conference (2017, October 06)

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Peer Reviewed
See detailRuminal function influenced by diet parameters in dairy herds with milk fat drop syndrome in Belgium
Knapp, Emilie ULiege; Sartelet, Arnaud ULiege; Malniece, Aija et al

Poster (2017, October 06)

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See detailTHIN-WALLED STEEL MEMBERS AT ELEVATED TEMPERATURES CONSIDERING LOCAL IMPERFECTIONS: NUMERICAL SIMULATION OF ISOLATED PLATES
Maraveas, Chrysanthos ULiege; Gernay, Thomas ULiege; Franssen, Jean-Marc ULiege

Scientific conference (2017, October 06)

The local buckling capacity of fire exposed thin-walled steel cross sections is affected by the reduction in strength and stiffness due to elevated temperatures and the amplitude of the initial local ... [more ▼]

The local buckling capacity of fire exposed thin-walled steel cross sections is affected by the reduction in strength and stiffness due to elevated temperatures and the amplitude of the initial local imperfections. A usual method to estimate this capacity is the simulation of isolated plates (web: four sides simply supported plate, flange: three sides simply supported plate) that are subjected to in-plane compression until instability is observed. Several researchers have proposed design methods to calculate the capacity of these steel members at elevated temperatures based on isolated plate analysis, but they used different methodologies. This variability in hypotheses happens because there is no clear provision defining the numerical modeling procedure for fire design of steel plates in the codes (European or US). The paper proposes a methodology for finite element simulation of thin plates at elevated temperatures and its governing factors (amplitude of initial local imperfections, number of half-wave geometry of local imperfections, plate geometry (sides ratio a/b)). [less ▲]

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See detailLa montée de l'extrême droite en Europe
Debras, François ULiege

Conference given outside the academic context (2017)

Depuis les années 70, certains partis d'extrême droite ont opéré une rupture dans leur évolution en favorisant l'émergence d'un nouveau type de rhétorique. Les formations d'extrême droite utilisent et ... [more ▼]

Depuis les années 70, certains partis d'extrême droite ont opéré une rupture dans leur évolution en favorisant l'émergence d'un nouveau type de rhétorique. Les formations d'extrême droite utilisent et revendiquent en effet aujourd’hui des arguments tels que le droit d'association, la liberté d'expression, la défense de la laïcité ou l'égalité des sexes. Dans leur programme politique, il est également question de démocratie directe, de référendum et de consultation populaire. De plus, en écartant de la scène politique et médiatique ses membres les plus virulents et en proposant des programmes alternatifs vis-à-vis des partis traditionnels, les organisations d’extrême droite s’intègrent durablement au sein de nos systèmes politiques allant jusqu’à se présenter, dans certains pays, comme les véritables représentants du peuple et les promoteurs d’une « véritable démocratie » loin des bureaucrates et technocrates de Bruxelles. Certains partis acquièrent ainsi une légitimité non négligeable et bénéficient d'un soutien populaire suffisant pour se hisser au sein de la majorité gouvernementale. Sur base d'une comparaison entre différents pays européens, nous proposons d'étudier la montée de l'extrême droite en Europe, entre vieilles idéologies et nouveaux visages... [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailPathways of running away among Belgian youth
Glowacz, Fabienne ULiege; Léonard, Julie; Courtain, Audrey ULiege

in Youth & Society (2017)

Runaway behaviors among teenagers have been studied for some 40 years. Still, because runaway and homeless youths have often been confounded, little is known about what really defines a runaway adolescent ... [more ▼]

Runaway behaviors among teenagers have been studied for some 40 years. Still, because runaway and homeless youths have often been confounded, little is known about what really defines a runaway adolescent. This study targets three objectives in a mixed-method design relying on data from official files and interviews: the descriptions of teenagers reported as missing (e.g., age, sex, runaway duration and reiteration, place left behind, type of caller reporting the child as missing, motivation for closing the file) and the understanding of runaway pathways and dynamics. These studies can contribute to prevention and intervention programs by providing new perspectives on how runaway experiences should be understood in light of the adolescent process. [less ▲]

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See detailCapturing fine-scale population structure towards molecular reclassification of patients
Chaichoompu, Kridsadakorn ULiege

Doctoral thesis (2017)

During the past decades, population structure analysis has been playing an important role for stratifying populations and tracking back population ancestries. Population structure is mainly due to non ... [more ▼]

During the past decades, population structure analysis has been playing an important role for stratifying populations and tracking back population ancestries. Population structure is mainly due to non-random mating between subgroups in a population because of various reasons, being of social, cultural, or geographical nature. Genetic structure in populations may also arise from known or unknown family relationships. Complex disease analyses, in case-control genetic association studies particularly, can be affected by so-called cryptic relatedness, which refers to unobserved ancestral relationships between study individuals. As population structure may confound results from genetic association studies and studies that aim to detect clinically relevant substructure in patients, its detection is highly relevant. Revealing population structure is really essential. Notably, removing unwanted population structure in molecular-based patient subtypes detection is likely to lead to subtle or fine-scale remaining structure. In this thesis, we developed a novel genetic structure detection tool, hereafter referred to as IPCAPS, which can also be used as, or extended to, a tool for fine-scale reclassification of patients. IPCAPS utilizes a fixation index (FST) to measure the distance between clusters for iterative loop termination. An FST > 0.001 is typically seen as evidence for genetic differentiation between European populations. We also introduced a novel heuristic called EigenFit as one of the stopping criteria. Although our tool has been developed to easily accommodate multiple data types, we have illustrated the conception of IPCAPs and its performance on simulated and real-life data using panels of genome-wide SNP data. SNPs, standing for Single Nucleotide Polymorphisms, are the most common type of genetic variation among people. There are roughly 10 million of them. We evaluated the performance of IPCAPS using a variety of simulation studies and simulation scenarios, including varying sample sizes, varying SNP panel sizes, the absence or presence of outliers, large or very small genetic separation between synthetic populations. The performance of IPCAPS was measured by estimating accuracy and computation time. We observed that our method generally outperformed a selection of other iterative pruning based methods such as ipPCA, iNJclust, and SHIPS. Also in the presence of outliers, IPCAPS' computation time is largely affected by sample size, not by the number of SNPs included in the analysis. We furthermore validated our tools and proposed protocols on a variety of real-life datasets. These datasets differed in complexity and ranged from worldwide sample collections, over regional populations, to geographically confined samples. In particular, we analyzed data from the International HapMap Project, the 1000 Genomes Project, Africa and Thailand. We proposed a suitable protocol to correct for population stratification and to perform patient subgrouping in samples from the International IBD Genetics Consortium (IBD referring to inflammatory bowel disease). All developed analysis protocols involved guidelines for the interpretation of identified strata. In conclusion, IPCAPS is a promising structure detection analysis tool. It was able to identify fine structure in African and HapMap populations, previously unreported. IPCAPS analysis also suggested the presence of at least 3 subtypes of Crohn’s disease and at least 3 subtypes of Ulcerative Colitis patients. More work is needed to evaluate the importance of these findings in clinical practice and for precisions medicine. [less ▲]

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See detailAux origines de l'Université de Liège
Lanneau, Catherine ULiege

Conference (2017, October 06)

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See detailPour la préservation des archives sociales
Lanneau, Catherine ULiege

Speech/Talk (2017)

Detailed reference viewed: 22 (0 ULiège)
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Peer Reviewed
See detailJeu, narration et réflexivité : le rôle de l’avatar
Delbouille, Julie ULiege; Barnabé, Fanny ULiege

Conference (2017, October 06)

Par sa nature même, le jeu entretient avec la réflexivité une parenté certaine. En effet, pour qu’une situation ou un objet soit reconnu comme ludique par les participants, il est nécessaire que ces ... [more ▼]

Par sa nature même, le jeu entretient avec la réflexivité une parenté certaine. En effet, pour qu’une situation ou un objet soit reconnu comme ludique par les participants, il est nécessaire que ces derniers superposent à leur action le message « ceci est un jeu » (Bateson, 1977). L’acte ludique, le « jouer » (Henriot, 1989), constitue donc un procédé de « méta-communication » (Bateson, 1977) supposant une interaction au second degré avec le réel (le joueur « fait comme si » ; Schaeffer, 1999 : 11). Le jeu vidéo n’échappe pas à cette dynamique réflexive, comme en témoigne le nombre important d’œuvres vidéoludiques qui – par le biais de différents outils formels – discourent sur leur propre organisation ludo-narrative, sur leurs possibilités d’utilisation ou sur le médium qui les supporte. Cette parenté entre réflexivité et jeu explique sans doute en partie la fréquence, au sein de ce domaine, des figures transgressant les seuils de la narration. Ainsi, dans les jeux vidéo, les métalepses sont des procédés tout à fait banals et non problématiques. Il n’est pas rare, par exemple, que des personnages fictionnels expliquent les mécaniques ludiques à l’avatar en des termes mêlant la fiction et l’univers référentiel du joueur (comme dans ces exemples issus du jeu Le monde de Nemo : « “(...) tu peux accélérer en appuyant sur la flèche de déplacement (...)”, “(...) tu peux peut-être y arriver en appuyant sur la touche action (...)” » ; Nélide-Mouniapin, 2005 : 245). Plus généralement, tout avatar de jeu vidéo se rapproche de ce que Genette nomme un « opérateur de métalepse » (Genette, 2004 : 110). En faisant se rencontrer un joueur empirique et un personnage fictif, cette « enveloppe pilotable » (Amato et Perény, 2013) assure effectivement une fonction d’embrayeur. Point de passage privilégié vers le monde fictionnel, l’avatar acte continuellement la perte et la reprise du contrôle sur le jeu, interrogeant ainsi le joueur sur sa propre posture – lorsqu’il n’est « ni tout à fait en [lui-même], ni tout à fait à l’écran, mais dans une zone intermédiaire, un entre-deux » (Triclot, 2011 : 19). La fréquence des métalepses ou mises en abyme dans les jeux et la centralité du rôle de l’avatar dans ces procédés réflexifs interrogent la manière dont le jeu vidéo peut construire une narration. En effet, ces figures peuvent être envisagées comme les vecteurs d’une destruction du pouvoir de représentation de l’œuvre, puisqu’elles mettent en pause la construction d’un univers pour faire discourir le jeu sur lui-même. Afin de mettre au jour les mécanismes de ces ruptures des seuils de la fiction et leur fonction dans l’articulation du jeu et de la narration, notre communication analysera ces procédés en puisant des exemples au sein de trois jeux distincts : Portal (Valve Corporation, 2007), ​The Stanley Parable (Galactic Cafe, 2013) et ​INSIDE (Playdead, 2016). Ceux-ci ont effectivement en commun de mettre en abyme le rapport du joueur à la machine par ​ le biais de leurs avatars (et de leur relation respective avec GLaDOS dans ​Portal, avec le​ narrateur dans The Stanley Parable, et avec le deuxième avatar dans ​INSIDE). Dans ces trois œuvres, les personnages jouables sont les opérateurs d’un méta-discours qui – tout en ne cessant d’opérer des « sorties » hors de la fiction pour s’adresser au joueur empirique – constitue en vérité le socle de la narration elle-même. [less ▲]

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