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See detailImages, dessins et schémas scientifiques : comment sont-ils perçus par les enfants ?
Giot, Bernadette ULg; Quittre, Valérie ULg

in Cahiers des Sciences de l'Education (Les) (2008), 27-28

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See detailValidité et reproductibilité d’un dynamomètre inertiel basé sur l’accélérométrie
Jidovtseff, Boris ULg; Crielaard, Jean-Michel ULg; Cauchy, Sébastien et al

in Science & Sports (2008), 23

Introduction : the purpose of this study was to investigate the validity and reliability of an inertial dynamometer using accelerometry. Methods : fourteen subjects were tested during three successive ... [more ▼]

Introduction : the purpose of this study was to investigate the validity and reliability of an inertial dynamometer using accelerometry. Methods : fourteen subjects were tested during three successive sessions at four increasing loads (30, 50, 70 and 95% of the 1RM). Maximal force, velocity and power performances were simultaneously assessed by the Myotest (Myotest S.A., Switzerland), an inertial dynamometer using accelerometry, and by another control valid dynamometer witch combine accelerometer and linear position transducer. At three first loads, only minor differences appeared between both dynamometers, correlations were excellent and coefficients of variation were good and similars. However, at 95% of the 1RM, Myotest validity and reliability became insufficient. Conclusion : Bench press inertial assessment with accelerometer appeared valid and reliable at 30, 50 and 70% of the 1RM, but not at 95% of the 1RM. [less ▲]

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See detailIsocinétisme et complexe articulaire de l’épaule.
Forthomme, Bénédicte ULg; Crielaard, Jean-Michel ULg; Croisier, Jean-Louis ULg

in Abstract book des 10èmes Rencontres de Médimex (2008)

1. MISE AU POINT METHODOLOGIQUE – INTRODUCTION La fonction musculaire de l’épaule conditionne sa stabilité et participe au niveau de performance sportive [2,3,7]. L’évaluation de la force maximale ... [more ▼]

1. MISE AU POINT METHODOLOGIQUE – INTRODUCTION La fonction musculaire de l’épaule conditionne sa stabilité et participe au niveau de performance sportive [2,3,7]. L’évaluation de la force maximale apparaît essentielle dans divers contextes pathologiques : conflit sous-coraco-acromial, épaule instable, atteinte neurologique, contexte chirurgical et transfert musculaire, surmenage sportif ou professionnel. Si la littérature apparaît consensuelle dans le cas du genou, l’exploration isocinétique de l’épaule s’avère peu standardisée, particulièrement lors du choix des groupes musculaires étudiés, de l’installation du sujet ainsi que du positionnement de l’articulation proprement dite. La reproductibilité des mesures pourrait dépendre de la position sélectionnée pour évaluer un groupe musculaire déterminé [1]. Le choix des mouvements à explorer devra s’inspirer du contexte pathologique ou sportif. Le conflit sous-coraco-acromial et l’instabilité de l’épaule représentent deux entités pathologiques majeures et concernent principalement les muscles de la coiffe des rotateurs (rotateurs internes ou externes, abducteurs). La motricité et la stabilité de l’épaule lors des phases d’armer ou de lancer dépendent des muscles rotateurs, en association avec les groupes abducteurs et adducteurs, dans le cadre d’actions concentriques ou excentriques [10,11,12]. En conséquence, l’évaluation isocinétique des rotateurs internes (RI) et externes (RE), parfois associée à l’exploration des abducteurs (ABD) et adducteurs (ADD), semble essentielle. Nous recommandons, lors de l’évaluation des RE et RI, les positions qui permettent une reproductibilité de qualité (CV inférieur à 13 %). Sur base d’études préliminaires de reproductibilité [5,8], nous avons identifié deux positions : le sujet est positionné en décubitus dorsal, bras dans le plan d’abduction frontale, soit à 90° pour la spécificité du geste d’armer-lancer, soit à 45° en cas de douleur ou d’insécurité. La position assise, à l’origine de CV trop élevés pour les RE (nombreuses compensations), combinés à la restriction des amplitudes en rotation interne et à la difficulté d’amener le bras en rotation externe maximale (action défavorable de la pesanteur), ne peut être retenue. L’exploration courante des rotateurs de l’épaule sédentaire utilise le seul mode concentrique dans un registre de vitesses entre 60°/s (3 répétitions) et 240°/s (5 répétitions). Des vitesses plus élevées et le mode excentrique seront étudiés dans le cadre de l’épaule sportive. Afin de limiter l’élévation du centre articulaire de l’épaule au-dessus de l’axe de rotation et le porte-à-faux du coude, nous proposons une position originale pour l’évaluation des ABD-ADD : le sujet en décubitus latéral, contre-appui fixé à l’extrémité distale du bras et amplitude limitée à 90° d’abduction dans le plan frontal. Le spectre des vitesses concentriques s’établit entre 60°/s et 180°/s. Dans ces conditions d’installation et de vitesse, la reproductibilité du MFM et des ratios apparaît satisfaisante avec des CV entre 6 % et 13 %. Le calcul de limites définissant le caractère normal d’une population et notre expérience clinique permettent de fixer le seuil pathologique de la comparaison bilatérale à 15 % ; à 60°/s, les ratios RE/RI et ABD/ADD devenant anormaux respectivement sous les valeurs de 0,71 et 0,54 (évaluation sur un Cybex Norm). Plus confidentiellement, le dispositif en chaîne fermée de certains dynamomètres isocinétiques (Biodex système 3) autorise l’évaluation des performances musculaires maximales des antéprojecteurs (ANT) et rétroprojecteurs (RET) de la scapula. Le sujet est assis, il saisit le dispositif en chaîne fermée et effectue des ANT et RET de l’épaule (2 x 3 répétitions à 12,2 cm/s), le coude restant tendu. L’étude des muscles scapulaires apparaît intéressante dans certains contextes pathologiques (scapula alata) et sportifs. Malgré les difficultés méthodologiques, l’évaluation à vitesse lente (12,2 cm/s) montre une bonne reproductibilité pour les paramètres force et ratio [6]. 2. PARTICULARITES DE L’EPAULE SPORTIVE L’encadrement du sportif de haut niveau devrait s’accompagner de mesures objectives de la force des muscles de l’épaule afin d’optimaliser la performance sportive et la prévention lésionnelle [4]. L’évaluation isocinétique des rotateurs d’épaule du sportif requiert, en complément au protocole de référence (couché dorsal, bras à 90° d’abduction plan frontal, vitesses concentriques de 60°/s (3 répétitions) et 240°/s (5 répétitions)), le mode excentrique à 60°/s (4 répétitions). Cette exploration autorise l’élaboration d’un ratio mixte fonctionnel, combinant le MFM excentrique des RE (60°/s) et le MFM concentrique des RI (240°/s). De façon surprenante, la pratique sportive intense ne modifie guère la force relative des muscles rotateurs de l’épaule (N.m/kg masse corporelle) [8]. Les ratios RE/RI et particulièrement le ratio mixte de l’épaule dominante du sportif entraîné restent inférieurs à ceux des sportifs occasionnels. Les RI plus forts ne s’accompagnent pas de RE majorés. Ces modifications de ratios pourraient générer, dans le concept de coaptation articulaire associée à l’équilibre agoniste / antagoniste, des lésions tendineuses ou d’instabilité. L’évaluation isocinétique contribue à orienter l’entraînement musculaire du sportif et à la prédiction de certaines performances. Les MFM absolus des RI et/ou des RE de l’épaule dominante des joueurs de volley-ball et des lanceurs de javelot présentent des relations intéressantes avec les performances spécifiques de terrain [3,9]. Les relations établies entre résultats isocinétiques et performances de terrain suggèrent le renforcement spécifique des RE à vitesse concentrique élevée en javelot et des RI (concentrique et/ou excentrique) en javelot et en volley-ball. Cette musculation orientée, en complément des stratégies classiques d’entraînement, devrait néanmoins respecter l’équilibre agonistes – antagonistes. La vitesse de la balle au service (tennis) ou au smash (volley-ball) apparaît en relation avec les ratios RE/RI concentriques ou mixte (relation positive en tennis et négative en volley-ball). Le respect d’un ratio équilibré semble néanmoins primordial dans la prévention des lésions de l’épaule. 3. EPAULE PATHOLOGIQUE ET EVALUATION ISOCINETIQUE L’évaluation isocinétique de certaines épaules pathologiques apparaît indispensable afin d’identifier et de quantifier les déficits musculaires (comparaison bilatérale), les déséquilibres agonistes / antagonistes ou la force maximale relative dans le cadre d’atteinte pathologique. Le dépistage d’éventuelles anomalies musculaires permet alors une prise en charge rééducative individualisée, afin d’optimaliser la récupération musculaire. Le suivi longitudinal autorise le contrôle régulier de l’efficacité de la rééducation [8]. L’évaluation des RE et RI s’effectue en décubitus dorsal, bras à 90° d’abduction dans le plan frontal si l’épaule s’avère asymptomatique (suture de coiffe, stabilisation de Latarjet). Si l’épaule présente des signes cliniques positifs, elle est positionnée à 45° d’abduction afin d’assurer une sécurité et une indolence maximale (transposition du grand dorsal, neuropathie du supra-scapulaire). L’analyse des performances des ABD et ADD s’établit dans la position d’installation modifiée en décubitus latéral selon une amplitude de 90° d’abduction frontale. Le protocole comprend des vitesses concentriques lentes (60°/s) et rapides (240°/s pour les RE-RI et 180°/s pour les ABD-ADD). L’évaluation en chaîne fermée des muscles stabilisateurs de la scapula (2 x 3 répétitions à 12,2 cm/s) apporte des informations quantitatives intéressantes dans certains contextes neurologiques. Les résultats de l’évaluation isocinétique varient suivant la pathologie concernée. Ils apparaissent souvent logiques par rapport au contexte lésionnel. Sept mois après suture chirurgicale de la coiffe, un déficit significatif moyen de 20 % persiste à 60°/s sur les ABD et les RE, la réparation tendineuse s’adressant majoritairement aux supra- et infra-épineux. Il en résulte une réduction des ratios au membre opéré (0,63 versus 0,74 à l’épaule saine pour le ratio RE/RI et 0,66 versus 0,76 du côté sain pour le ratio ABD/ADD à 60°/s) [7]. Les épaules opérées selon la technique de Latarjet montrent des déficits des RE (12 % à 60°/s) plus marqués à 45° d’abduction frontale. Les RI apparaissent significativement déficitaires, mais exclusivement à 90° d’abduction (8 % à 60°/s). Par conséquent, seuls les ratios RE/RI établis à 45° d’abduction présentent une réduction (0,72 versus 0,79 du côté sain à 60°/s). La transposition du muscle grand dorsal cause une insuffisance significative des performances des RI et des ADD (entre 21 et 37 % à 60°/s), six mois après l’intervention. Au sixième mois, les épaules présentent également un déficit des ABD de 18 % par rapport au côté sain. Les ratios RE/RI et ABD/ADD, très élevés à chaque stade d’évaluation post-chirurgicale, valent respectivement 0,96 et 0,83 à 60°/s (versus 0,71 et 0,63 à l’épaule non opérée) après six mois. La neuropathie du supra-scapulaire entraîne un déficit significatif des RE (27 %) et des ABD (21 %), ces muscles correspondant au territoire neurologique moteur. Les ratios RE/RI et ABD/ADD subissent une réduction significative (respectivement 0,49 versus 0,68 du côté sain et 0,47 versus 0,58 à l’épaule saine à 60°/s). Les performances isocinétiques se révèlent corrélées aux paramètres d’amplitude et/ou de latence mesurés en électromyographie de surface. L’évaluation en chaîne fermée de patients présentant une scapula alata objective un déficit significatif de 28,5 % sur les antéprojecteurs de la scapula et, en conséquence, les ratios ANT/RET de ces patients restent plus bas du côté pathologique (0,70 versus 0,81 du côté sain). La faiblesse des antéprojecteurs en isocinétisme est en relation avec la diminution de l’amplitude de la réponse motrice évoquée du dentelé antérieur à l’examen neurophysiologique [6]. Dans ces contextes pathologiques, les déficits musculaires en comparaison bilatérale, et les ratios RE/RI et ABD/ADD présentent une variabilité interindividuelle importante. Cette observation découle du genre du sujet et de l’activité sportive ou professionnelle variables ainsi que des délais post-chirurgicaux ou post-lésionnels hétérogènes. Un tel profil confirme l’indispensable individualisation de la prise en charge thérapeutique et rééducative. Un recul d’une année au moins après la lésion ou la chirurgie apparaît nécessaire avant de fixer le niveau de récupération de force et d’observer l’établissement d’éventuelles synergies musculaires compensatrices. Cette observation indique l’intérêt d’un suivi longitudinal de la cinétique de récupération des performances musculaires. En raison de la spécificité de l’exercice et des conditions de sécurité, l’isocinétisme pourrait être considéré comme un outil rééducatif. Des travaux ultérieurs selon une approche critique permettraient dès lors d’en étudier l’efficacité. Références 1. Dvir Z, ed. Isokinetics. Muscle testing, interpretation and clinical applications. 2nd edition; Churchill Livingstone: Elsevier Science; 2004. 2. Fleisig GS, Barrentine SW, Escamilla RF, Andrews JR. – Biomechanics of overhand throwing with implications for injuries. Sports Med 1996;21:421-35. 3. Forthomme B, Crielaard JM, Forthomme L, Croisier JL. Field performance of javelin throwers: Relationship with isokinetic findings. Isokinet Exerc Sci 2007;15:195-202. 4. Forthomme B, Delvaux F, Crielaard JM, Croisier JL. Advances in preventing shoulder sports injuries. Isokinet Exerc Sci 2008;16:167. 5. Forthomme B, Maquet D, Crielaard JM, Croisier JL. Shoulder isokinetic assessment: A critical analysis. Isokinet Exerc Sci 2005;13:59-60. 6. Forthomme B, Wang FC, Sternon AC, Crielaard JM, Croisier JL. Evaluation isocinétique des muscles scapulaires : application à une neuropathie. Abstract Book de la 6ème Journée Belge d’Isocinétisme du GIBL (Bruxelles), 2008;19. 7. Forthomme B, Willems S, Hurlet S, Berger JP, Houben G, Croisier JL. Shoulder isokinetic profile after Latarjet’s technique. Isokinet Exerc Sci 2005;13:71-6. 8. Forthomme B. Exploration musculaire isocinétique de l'épaule. Faculté de Médecine. Liège, Université de Liège. Thèse de Doctorat en Kinésithérapie et Réadaptation, 2005. 9. Forthomme B, Croisier JL, Ciccarone G, Crielaard JM, Cloes M. Factors correlated with volleyball spike velocity. Am J Sports Med 2005;33:1513-9. 10. Glousman R, Jobe F, Tibone J, Moynes D, Antonelli D, Perry J. Dynamic electromyographic analysis of the throwing shoulder with glenohumeral instability. J Bone Joint Surg 1988;70:220-6. 11. Meister K. Injuries to the shoulder in the throwing athlete. Part one: Biomechanics / pathophysiology / classification of injury. Am J Sports Med 2000;28:265-275; 587-601. 12. Pappas AM, Zawacki RM, Sullivan TJ. Biomechanics of baseball pitching. A preliminary report. Am J Sports Med 1985;13:216-22. [less ▲]

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See detailPrévalence de l’ostéochondrose chez le cheval de sport en Wallonie
Vander Heyden, Laurent ULg; Serteyn, Didier ULg; Caudron, Isabelle et al

in Annales de Médecine Vétérinaire (2008), 152(3), 131-137

Osteochondrosis (OC), a developmental orthopaedic disease, is consecutive to a defect in the endochondral ossification process, and can result in formation of an osteochondral fragment (osteochondrosis ... [more ▼]

Osteochondrosis (OC), a developmental orthopaedic disease, is consecutive to a defect in the endochondral ossification process, and can result in formation of an osteochondral fragment (osteochondrosis dissecans). Our objective is to establish the prevalence of osteochondrosis in Wallonia, and describe the main observed lesions. One hundred forty-two Warmblood horses, aged from 12 to 36 months, underwent a systematic X-ray examination. Sixty-three of these horses (44.4 %) presented one or more OC lesions, 46 (32.4 %) of them with an articular fragment. This prevalence is similar to those observed in Dutch Warmblood horses (44.3 %). The localisation of the lesions was as follows: 25 (17.6 %) of the experimental group showed one or more lesions in the hindlimbs fetlocks, 23 (16.2 %) in the hocks, 21 (14.8 %) in the stifles and 14 (9.9 %) in the forelimbs fetlocks. The medial ridge of the talus is the most frequently injured anatomical site in our study. This lesion was observed in 12 horses (8.4 %), a prevalence that is by far higher than those observed in Dutch Warmblood horses (2.9 %). Not any significant difference was observed between males and females. The high prevalence and the clinical and economic consequences of this disease in the horse’s industry fully justify further research in order to improve the understanding of its pathogenic process. [less ▲]

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See detailLe modèle des événements d'apprentissage-Enseignement
Leclercq, Dieudonné ULg; Poumay, Marianne ULg

Learning material (2008)

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See detailIsotopic ratios and elemental contents as indicators of seagrass C processing and sewage influence in a tropical macrotidal ecosystem (Madagascar, Mozambic channel)
Lepoint, Gilles ULg; Frederich, Bruno ULg; Gobert, Sylvie ULg et al

in Scientia Marina (2008), 72(1), 109-117

Isotopic ratios and elemental concentrations of carbon and nitrogen were measured in seven seagrass species colonising different tidal flats near Toliara (SW Madagascar) in order to determine the ... [more ▼]

Isotopic ratios and elemental concentrations of carbon and nitrogen were measured in seven seagrass species colonising different tidal flats near Toliara (SW Madagascar) in order to determine the potential use of these parameters for assessing C processing and sewage use by tropical seagrasses. Nitrogen concentrations measured in upper intertidal seagrasses near Toliara were almost twice those measured on the tidal flat near a healthy mangrove situated 20 km away from Toliara town. At Toliara Beach, δ15N values were correlated with the N concentrations of Halodule sp., one of the dominant species on the tidal flat. This correlation did not exist for Halophila ovalis, the other dominant species. An increase in N concentrations and δ15N values demonstrates the influence of sewage coming directly onto Toliara Beach on the N cycles of intertidal seagrasses. Nevertheless, this influence seems restricted to the upper littoral zone and was not the main cause of seagrass die-off. On the other hand, at the mangrove site, δ15N values were not correlated with the N concentrations of Halodule sp. or Thalassia hemprichii, showing that natural δ15N variability is driven by other factors than the δ15N of N sources. Moreover, inter-individual variability of δ15N values was greater than inter-specific or inter-site variability, making the δ15N difficult to interpret in the context of human-disturbance influence on the N cycle of tropical seagrasses. δ13C values were close to -9‰, indicating the use of HCO 3– as an inorganic carbon source by the seven investigated species. Contrary to our hypothesis, variation between sites and location on the tidal flat was limited, suggesting limited impact on δ13C values of sewage, emersion duration and mechanisms for HCO 3– incorporation. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailThe rocker bone: a new kind of mineralised tissue?
Parmentier, Eric ULg; Compère, Philippe ULg; Casadevall, Margarida et al

in Cell & Tissue Research (2008), 334

In some Ophidiiform fishes, the anterior part of the swimbladder is thickened into a hard structure called the “rocker bone”, which is thought to play a role in sound production. Although this structure ... [more ▼]

In some Ophidiiform fishes, the anterior part of the swimbladder is thickened into a hard structure called the “rocker bone”, which is thought to play a role in sound production. Although this structure has been described as cartilage or bone, its nature is still unknown. We have made a thorough analysis of the rocker bone in Ophidion barbatum and compared it with both classical bone and cartilage. The rocker bone appears to be a new example of mineralisation. It consists of (1) a ground substance mainly composed of proteoglycans (mucopolysaccharide acid) and fibres and (2) a matrix containing small mineralised spherules composed of a bioapatite and fibrils. These spherules are embedded in mineralised cement of a similar composition to the spherules themselves. The rocker bone grows via the apposition of new apatite spherules at its periphery. These spherules are first secreted by the innermost fibroblast layer of the capsule contained in the rocker bone and then grow extracellularly. Blood vessels, which represent the only means of transport for matrix and mineral material, are numerous. They enter the rocker bone via the hyle and ramify towards the capsule. We propose to call this new kind of mineralised tissue constituting the rocker bone “frigolite” (the Belgian name for styrofoam) in reference to the presence of spherules of different sizes and the peculiarity of the rocker bone in presenting a smooth surface when fractured. [less ▲]

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See detailExact Model Reduction of Combinatorial Reaction Networks
Conzelmann, Holger; Fey, Dirk ULg; Gilles, E. D.

in BMC Systems Biology (2008), 2

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See detailYakubovich’s Oscillatority of Circadian Oscillations Models
Efimov, Denis ULg; Fradkov, Alexander

in Mathematical Biosciences (2008), 216

The testing procedure of Yakubovich’s oscillatority property is presented. The procedure is applied for two models of circadian oscillations [10], [11]. Analytical conditions of these models oscillatority ... [more ▼]

The testing procedure of Yakubovich’s oscillatority property is presented. The procedure is applied for two models of circadian oscillations [10], [11]. Analytical conditions of these models oscillatority are established and bounds on oscillation amplitude are calculated. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailCooperative 2:1 Binding of a Bisphenothiazine to Duplex DNA
Rosu, Frédéric ULg; Gabelica, Valérie ULg; De Pauw, Edwin ULg et al

in Chembiochem : A European Journal of Chemical Biology (2008), 9

Highly cooperative formation of a 2:1 complex was revealed by electrospray mass spectrometry experiments, and a structural model is proposed.

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Peer Reviewed
See detailSelective recognition of pyrimidine–pyrimidine DNA mismatches by distance-constrained macrocyclic bis-intercalators
Bahr, Matthias; Gabelica, Valérie ULg; Granzhan, Anton et al

in Nucleic Acids Research (2008), 36

Binding of three macrocyclic bis-intercalators, derivatives of acridine and naphthalene, and two acyclic model compounds to mismatch-containing and matched duplex oligodeoxynucleotides was analyzed by ... [more ▼]

Binding of three macrocyclic bis-intercalators, derivatives of acridine and naphthalene, and two acyclic model compounds to mismatch-containing and matched duplex oligodeoxynucleotides was analyzed by thermal denaturation experiments, electrospray ionization mass spectrometry studies (ESI-MS) and fluorescent intercalator displacement (FID) titrations. The macrocyclic bis-intercalators bind to duplexes containing mismatched thymine bases with high selectivity over the fully matched ones, whereas the acyclic model compounds are much less selective and strongly bind to the matched DNA. Moreover, the results from thermal denaturation experiments are in very good agreement with the binding affinities obtained by ESI-MS and FID measurements. The FID results also demonstrate that the macrocyclic naphthalene derivative BisNP preferentially binds to pyrimidine– pyrimidine mismatches compared to all other possible base mismatches. This ligand also efficiently competes with a DNA enzyme (M.TaqI) for binding to a duplex with a TT-mismatch, as shown by competitive fluorescence titrations. Altogether, our results demonstrate that macrocyclic distance- constrained bis-intercalators are efficient and selective mismatch-binding ligands that can interfere with mismatch-binding enzymes. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailLigands playing musical chairs with G-quadruplex DNA: A rapid and simple displacement assay for identifying selective G-quadruplex binders
Monchaud, David; Allain, C.; Bertrand, Hélène et al

in Biochimie (2008), 90(8), 1207-1223

We report here the details of G4-FID (G-quadruplex fluorescent intercalator displacement), a simple method aiming at evaluating quadruplex DNA binding affinity and quadruplex- over duplex-DNA selectivity ... [more ▼]

We report here the details of G4-FID (G-quadruplex fluorescent intercalator displacement), a simple method aiming at evaluating quadruplex DNA binding affinity and quadruplex- over duplex-DNA selectivity of putative ligands. This assay is based on the loss of fluorescence upon displacement of thiazole orange from quadruplex and duplex-DNA matrices. The original protocol was tested using various quadruplex and duplex-DNA targets, and with a wide panel of G-quadruplex ligands belonging to different families (i.e. from quinacridines to metalloorganic ligands) likely to display various binding modes. The reliability of the assay is further supported by comparisons with FRET-melting and ESI-MS assays. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailElectrospray Mass Spectrometry to Study Drug-Nucleic Acids Interactions
Rosu, Frédéric ULg; De Pauw, Edwin ULg; Gabelica, Valérie ULg

in Biochimie (2008), 90(7), 1074-1087

We present here a tutorial review on the electrospray mass spectrometry technique and its applications to the study of drug-nucleic acid non-covalent complexes. Particular emphasis has been made on the ... [more ▼]

We present here a tutorial review on the electrospray mass spectrometry technique and its applications to the study of drug-nucleic acid non-covalent complexes. Particular emphasis has been made on the basic principles of the technique, to allow even the non-specialist to design fit-for-purpose mass spectrometry experiments and interpret the results. Standard applications will be described in detail, including the determination of stoichiometries and equilibrium binding constants of non-covalent complexes, the study of binding kinetics, and the development of ligand screening assays. We also outline the potentials of more advanced and/or more recent MS-based techniques (tandem mass spectrometry, ion mobility spectrometry and gas-phase spectroscopy) for the study of the nucleic acid-ligand complexes. [less ▲]

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See detailLigand binding to tetra-end-linked (TGGGGT)4 G-quadruplexes: an electrospray mass spectroscopy study
Amato, Jussara; Oliviero, Giorgia; Borbone, Nicola et al

in Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52

The binding properties of a series of known G-quadruplex ligands have been studied by ESI-MS experiments. The tetramolecular (TG(4)T)(4) quadruplex and its analogues I and II blocked, respectively, at the ... [more ▼]

The binding properties of a series of known G-quadruplex ligands have been studied by ESI-MS experiments. The tetramolecular (TG(4)T)(4) quadruplex and its analogues I and II blocked, respectively, at the 3' or 5'-end by a tetra-end-linker (TEL) unit were chosen as the ligands targets. The stoichiometries of the obtained complexes as well as the ligand affinity and selectivity to the different quadruplexes were determined to deduce the ligand binding site. The TEL derivatives I and II allowed the probing of the grooves contribution to the binding of ligands to G-quadruplexes, demonstrating that the 3' and 5' quartets are not equivalent binding sites for ligand end-stacking. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailA short C-rich PNA fragment capable to form novel G-quadruplex-PNA complexes
Amato, Jussara; Gabelica, Valérie ULg; Borbone, Nicola et al

in Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52

In this work we investigated the interaction between the short ac(4)a C-rich peptide nucleic acid (PNA) probe and two intramolecular G-quadruplex targets having the same G-tetrad core, but different ... [more ▼]

In this work we investigated the interaction between the short ac(4)a C-rich peptide nucleic acid (PNA) probe and two intramolecular G-quadruplex targets having the same G-tetrad core, but different folding topologies. The T(G(4)T)(3)G(4)T and the recently reported tetra-end-linked-(TG(4)T)(4) G-rich oligonucleotides (GROs) were chosen and synthesized for this study. UV, CD, and MS experiments revealed the formation of novel 1:1 G-quadruplex-PNA complexes besides the expected DNA-PNA heteroduplexes [less ▲]

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See detailAdvantages of a semi-analytical approach for the analysis of an evolving structure with contacts
Denoël, Vincent ULg

in Communications in Numerical Methods in Engineering (2008), 24(12), 1667-1683

This paper presents a semi-analytical approach for the evolution analysis of a beam into given boundaries. The analytical description of contact locations, contact forces and beam deflections results in ... [more ▼]

This paper presents a semi-analytical approach for the evolution analysis of a beam into given boundaries. The analytical description of contact locations, contact forces and beam deflections results in an exact modelling of the phenomenon (no penetration allowed). Despite the apparent complexity of the problem, the analytical relations leading to two-point boundary and integro-restrained differential equations are formally written. An iterative resolution of these equations is adopted by converting the problem into a single-point boundary value one. Due to a proper selection of the global unknowns, namely the contact forces and their locations, the proposed method is particularly efficient in the context of evolving structures. The resolution is illustrated on a simple example, and comparisons with the finite element method are given as persuasive arguments. Copyright © 2007 John Wiley & Sons, Ltd. [less ▲]

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See detailImplementation of health aspects (ER N°3) in the Construction Products; Directive (CPD) regarding emissions to indoor air
Lor, Marc; Vause, Kevin; Goelen, Eddy et al

Poster (2008)

Standardisation work on test methods for dangerous substances released in the indoor air by construction products is currently ongoing at European level. The paper presents a study conducted in Belgium ... [more ▼]

Standardisation work on test methods for dangerous substances released in the indoor air by construction products is currently ongoing at European level. The paper presents a study conducted in Belgium, which compares methods in three different test chambers and aiming at assessing the performance of the products placed on the market. [less ▲]

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See detailStress and burnout in anesthesia
Nyssen, Anne-Sophie ULg; Hansez, Isabelle ULg

in Current Opinion in Anaesthesiology (2008)

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See detailZebrafish Sox7 and Sox18 function together to control arterial-venous identity
Pendeville-Samain, Hélène ULg; Winandy, Marie ULg; Manfroid, Isabelle ULg et al

in Developmental Biology (2008), 317(2), 405-16

Sox7 and Sox18 are members of the F-subgroup of Sox transcription factors family and are mostly expressed in endothelial compartments. In humans, dominant mutations in Sox18 are the underlying cause of ... [more ▼]

Sox7 and Sox18 are members of the F-subgroup of Sox transcription factors family and are mostly expressed in endothelial compartments. In humans, dominant mutations in Sox18 are the underlying cause of the severe hypotrichosis-lymphedema-telangiectasia disorder characterized by vascular defects. However little is known about which vasculogenic processes Sox7 and Sox18 regulate in vivo. We cloned the orthologs of Sox7 and Sox18 in zebrafish, analysed their expression pattern and performed functional analyses. Both genes are expressed in the lateral plate mesoderm during somitogenesis. At later stages, Sox18 is expressed in all axial vessels whereas Sox7 expression is mainly restricted to the dorsal aorta. Knockdown of Sox7 or Sox18 alone failed to reveal any phenotype. In contrast, blocking the two genes simultaneously led to embryos displaying dysmorphogenesis of the proximal aorta and arteriovenous shunts, all of which can account for the lack of circulation observed in the trunk and tail. Gene expression analyses performed with general endothelial markers on double morphants revealed that Sox7 and Sox18 are dispensable for the initial specification and positioning of the major trunk vessels. However, morphants display ectopic expression of the venous Flt4 marker in the dorsal aorta and a concomitant reduction of the artery-specific markers EphrinB2a and Gridlock. The striking similarities between the phenotype of Sox7/Sox18 morphants and Gridlock mutants strongly suggest that Sox7 and Sox18 control arterial-venous identity by regulating Gridlock expression. [less ▲]

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