Paper published in a book (Scientific congresses and symposiums)
Automatic localization of interest points in zebrafish images with tree-based methods
Stern, Olivier; Marée, Raphaël; Aceto, Jessica et al.
2011In Proceedings of the 6th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics
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Abstract :
[en] In many biological studies, scientists assess effects of experimental conditions by visual inspection of microscopy images. They are able to observe whether a protein is expressed or not, if cells are going through normal cell cycles, how organisms evolve in different experimental conditions, etc. But, with the large number of images acquired in high-throughput experiments, this manual inspection becomes lengthy, tedious and error-prone. In this paper, we propose to automatically detect specific interest points in microscopy images using machine learning methods with the aim of performing automatic morphometric measurements in the context of Zebrafish studies. We systematically evaluate variants of ensembles of classification and regression trees on four datasets corresponding to different imaging modalities and experimental conditions. Our results show that all variants are effective, with a slight advantage for multiple output methods, which are more robust to parameter choices.
Research center :
Giga-Systems Biology and Chemical Biology - ULiège
Giga-Development and Stem Cells - ULiège
AFFISH-RC - Applied and Fundamental FISH Research Center - ULiège
Disciplines :
Biochemistry, biophysics & molecular biology
Computer science
Author, co-author :
Stern, Olivier ;  Université de Liège - ULiège > Dép. d'électric., électron. et informat. (Inst.Montefiore) > Systèmes et modélisation
Marée, Raphaël  ;  Université de Liège - ULiège > GIGA-Management : Plateforme bioinformatique
Aceto, Jessica ;  Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > GIGA-R : Biologie et génétique moléculaire
Jeanray, Nathalie ;  Université de Liège - ULiège > Dép. d'électric., électron. et informat. (Inst.Montefiore) > Systèmes et modélisation
Muller, Marc  ;  Université de Liège - ULiège > Département des sciences de la vie > GIGA-R : Biologie et génétique moléculaire
Wehenkel, Louis  ;  Université de Liège - ULiège > Dép. d'électric., électron. et informat. (Inst.Montefiore) > Systèmes et modélisation
Geurts, Pierre ;  Université de Liège - ULiège > Dép. d'électric., électron. et informat. (Inst.Montefiore) > Systèmes et modélisation
Language :
English
Title :
Automatic localization of interest points in zebrafish images with tree-based methods
Publication date :
2011
Event name :
6th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (2011)
Event organizer :
Delft University of Technology
Event place :
Delft, Netherlands
Event date :
November 2-4 2011
Audience :
International
Main work title :
Proceedings of the 6th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics
Publisher :
Springer
Collection name :
LNCS
Peer reviewed :
Peer reviewed
Funders :
F.R.S.-FNRS - Fonds de la Recherche Scientifique [BE]
BELSPO - SPP Politique scientifique - Service Public Fédéral de Programmation Politique scientifique
DGTRE - Région wallonne. Direction générale des Technologies, de la Recherche et de l'Énergie [BE]
FEDER - Fonds Européen de Développement Régional [BE]
Action de Recherche Concertée BIOMOD (Université de Liège)
Available on ORBi :
since 25 September 2011

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