C. Aubert M. H. Vos P. Mathis A. P. M. Eker K. Brettel Nature 2000 405 586 590
I. Chaves R. Pokorny M. Byrdin N. Hoang T. Ritz K. Brettel L.-O. Essen G. T. J. van der Horst A. Batschauer M. Ahmad Annu. Rev. Plant Biol. 2011 62 335 364
N. W. Woodbury M. Becker D. Middendorf W. W. Parson Biochemistry 1985 24 7516 7521
A. M. Nuijs H. Vasmel H. L. P. Joppe L. N. M. Duysens J. Amesz Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 1985 807 24 34
J. Deisenhofer and J. R. Norris, Photosynthetic Reaction Center, Elsevier Science, 2013
A. Sancar Chem. Rev. 2003 103 2203 2238
H. Park S. Kim A. Sancar J. Deisenhofer Science 1995 268 1866 1872
R. Brudler K. Hitomi H. Daiyasu H. Toh K.-i. Kucho M. Ishiura M. Kanehisa V. A. Roberts T. Todo J. A. Tainer E. D. Getzoff Mol. Cell 2003 11 59 67
D. Immeln A. Weigel T. Kottke J. L. Pérez Lustres J. Am. Chem. Soc. 2012 134 12536 12546
Y.-T. Kao C. Saxena T.-F. He L. Guo L. Wang A. Sancar D. Zhong J. Am. Chem. Soc. 2008 130 13132 13139
J. Shirdel P. Zirak A. Penzkofer H. Breitkreuz E. Wolf Chem. Phys. 2008 352 35 47
J. Brazard A. Usman F. Lacombat C. Ley M. M. Martin P. Plaza L. Mony M. Heijde G. Zabulon C. Bowler J. Am. Chem. Soc. 2010 132 4935 4945
A. Lukacs A. P. M. Eker M. Byrdin K. Brettel M. H. Vos J. Am. Chem. Soc. 2008 130 14394 14395
P. Müller J. Yamamoto R. Martin S. Iwai K. Brettel Chem. Commun. 2015 51 15502 15505
D. V. Matyushov J. Phys.: Condens. Matter 2015 27 473001
P. B. Woiczikowski T. Steinbrecher T. Kubař M. Elstner J. Phys. Chem. B 2011 115 9846 9863
F. Cailliez P. Müller T. Firmino P. Pernot A. de la Lande J. Am. Chem. Soc. 2016 138 1904 1915
F. Cailliez P. Müller M. Gallois A. de la Lande J. Am. Chem. Soc. 2014 136 12974 12986
W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
G. Lüdemann I. A. Solov'yov T. Kubař M. Elstner J. Am. Chem. Soc. 2015 137 1147 1156
P. H. Dederichs S. Blügel R. Zeller H. Akai Phys. Rev. Lett. 1984 53 2512 2515
Q. Wu T. Van Voorhis Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 2005 72 024502
T. V. Voorhis T. Kowalczyk B. Kaduk L.-P. Wang C.-L. Cheng Q. Wu Annu. Rev. Phys. Chem. 2010 61 149 170
A. Troisi A. Nitzan M. A. Ratner J. Chem. Phys. 2003 119 5782 5788
X. Song A. A. Stuchebrukhov J. Chem. Phys. 1993 99 969 978
V. May and O. Kühn, Charge and Energy Transfer Dynamics in Molecular Systems, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 3rd edn, 2011
U. Weiss, in Quantum Dissipative Systems, ed., I. E. Dzyaloshinskii, S. O. Lundqvist, and, Y. Lu, Singapore, 2012, vol. 10
H. D. Meyer U. Manthe L. S. Cederbaum Chem. Phys. Lett. 1990 165 73 78
H. Wang M. Thoss J. Chem. Phys. 2003 119 1289 1299
U. Manthe J. Chem. Phys. 2008 128 164116
J. Schulze O. Kühn J. Phys. Chem. B 2015 119 6211 6216
O. Vendrell H.-D. Meyer J. Chem. Phys. 2011 134 044135
E. Mangaud A. de la Lande C. Meier M. Desouter-Lecomte Phys. Chem. Chem. Phys. 2015 17 30889 30903
C. Meier D. J. Tannor J. Chem. Phys. 1999 111 3365 3376
A. Ishizaki Y. Tanimura J. Phys. Soc. Jpn. 2005 74 3131 3134
Y. Tanimura J. Phys. Soc. Jpn. 2006 75 082001
Y. Tanimura R. Kubo J. Phys. Soc. Jpn. 1989 58 101 114
M. Tanaka Y. Tanimura J. Chem. Phys. 2010 132 214502
A. Ishizaki G. R. Fleming J. Chem. Phys. 2009 130 234111
J. Strümpfer K. Schulten J. Chem. Theory Comput. 2012 8 2808 2816
H. Liu L. Zhu S. Bai Q. Shi J. Chem. Phys. 2014 140 134106
J. Zhu S. Kais P. Rebentrost A. Aspuru-Guzik J. Phys. Chem. B 2011 115 1531 1537
K. H. Hughes B. Cahier R. Martinazzo H. Tamura I. Burghardt Chem. Phys. 2014 442 111 118
A. Ishizaki G. R. Fleming Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 17255 17260
C. Kreisbeck T. Kramer M. Rodríguez B. Hein J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2166 2174
R. R. Dogonadze M. K. Alexander A. A. Chernenko Russ. Chem. Rev. 1965 34 759
R. A. Marcus N. Sutin Biochim. Biophys. Acta 1985 811 265 322
A. Warshel J. Phys. Chem. 1982 86 2218 2224
G. King A. Warshel J. Chem. Phys. 1990 93 8682 8692
D. N. LeBard V. Kapko D. V. Matyushov J. Phys. Chem. B 2008 112 10322 10342
D. N. LeBard D. V. Matyushov J. Phys. Chem. B 2009 113 12424 12437
D. V. Matyushov J. Chem. Phys. 2013 139 025102
E. S. Medvedev A. A. Stuchebrukhov J. Chem. Phys. 1997 107 3821 3831
I. A. Balabin J. N. Onuchic Science 2000 290 114 117
S. S. Skourtis I. A. Balabin T. Kawatsu D. N. Beratan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 3552 3557
S. Efrima M. Bixon Chem. Phys. 1976 13 447 460
J. Jortner M. Bixon J. Chem. Phys. 1988 88 167 170
J. K. Hwang A. Warshel Chem. Phys. Lett. 1997 271 223 225
F. Cailliez P. Müller T. Firmino P. Pernot A. de la Lande J. Am. Chem. Soc. 2016 138 1904 1915
A. M. Koster, P. Calaminici, M. E. Casida, V. D. Dominguez, R. Flores-Moreno, G. Geudtner, A. Goursot, T. Heine, A. Ipatov, F. Janetzko, J. M. del Campo, J. U. Reveles, A. Vela, B. Zuniga and D. R. Salahub, deMon2k, The deMon developers, Mexico City, 2nd edn, 2011
A. de la Lande D. R. Salahub THEOCHEM 2010 943 115 120
J. Řezáč B. Lévy I. Demachy A. de la Lande J. Chem. Theory Comput. 2012 8 418 427
A. Warshel M. Levitt J. Mol. Biol. 1976 103 227 249
B. R. Brooks C. L. Brooks III A. D. Mackerell Jr L. Nilsson R. J. Petrella B. Roux Y. Won G. Archontis C. Bartels S. Boresch A. Caflisch L. Caves Q. Cui A. R. Dinner M. Feig S. Fischer J. Gao M. Hodoscek W. Im K. Kuczera T. Lazaridis J. Ma V. Ovchinnikov E. Paci R. W. Pastor C. B. Post J. Z. Pu M. Schaefer B. Tidor R. M. Venable H. L. Woodcock X. Wu W. Yang D. M. York M. Karplus J. Comput. Chem. 2009 30 1545 1614
A. D. Mackerell M. Feig C. L. Brooks J. Comput. Chem. 2004 25 1400 1415
A. D. MacKerell D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiórkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865 3868
P. Calaminici F. Janetzko A. M. Köster R. Mejia-Olvera B. Zuniga-Gutierrez J. Chem. Phys. 2007 126 044108
J. W. Mintmire B. I. Dunlap Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1982 25 88 95
A. M. Köster J. U. Reveles J. M. del Campo J. Chem. Phys. 2004 121 3417 3424
P. Calaminici R. Flores-Moreno A. Köster Comput. Lett. 2005 1 164 171
Q. Wu T. Van Voorhis J. Chem. Theory Comput. 2006 2 765 774
F. L. Hirshfeld Theor. Chim. Acta 1977 44 129 138
J. Řezáč J. Comput. Chem. 2016 37 1230 1237
S. Dapprich I. Komáromi K. S. Byun K. Morokuma M. J. Frisch THEOCHEM 1999 461-462 1 21
A. Alvarez-Ibarra A. M. Köster R. Zhang D. R. Salahub J. Chem. Theory Comput. 2012 8 4232 4238
W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
S. Nosé Mol. Phys. 1984 52 255 268
W. G. Hoover Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1985 31 1695 1697
Q. Wu T. Van Voorhis J. Chem. Phys. 2006 125 164105
A. Kubas F. Hoffmann A. Heck H. Oberhofer M. Elstner J. Blumberger J. Chem. Phys. 2014 140 104105
A. Kubas F. Gajdos A. Heck H. Oberhofer M. Elstner J. Blumberger Phys. Chem. Chem. Phys. 2015 17 14342 14354
D. Mejía-Rodríguez A. M. Köster J. Chem. Phys. 2014 141 124114
A. J. Leggett S. Chakravarty A. T. Dorsey M. P. A. Fisher A. Garg W. Zwerger Rev. Mod. Phys. 1987 59 1 85
S. A. Egorov K. F. Everitt J. L. Skinner J. Phys. Chem. A 1999 103 9494 9499
S. Shim P. Rebentrost S. Valleau A. Aspuru-Guzik Biophys. J. 2012 102 649 660
S. Valleau A. Eisfeld A. Aspuru-Guzik J. Chem. Phys. 2012 137 224103
C. Olbrich J. Strümpfer K. Schulten U. Kleinekathöfer J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 1771 1776
R. Zwanzig J. Chem. Phys. 1960 33 1338 1341
F. Shibata Y. Takahashi N. Hashitsume J. Stat. Phys. 1977 17 171 187
S.-H. Yeh J. Zhu S. Kais J. Chem. Phys. 2012 137 084110
U. Kleinekathöfer J. Chem. Phys. 2004 121 2505 2514
A. Pomyalov C. Meier D. J. Tannor Chem. Phys. 2010 370 98 108
J. Blumberger Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 5651 5667
D. N. Beratan C. Liu A. Migliore N. F. Polizzi S. S. Skourtis P. Zhang Y. Zhang Acc. Chem. Res. 2015 48 474 481
A. Troisi M. A. Ratner M. B. Zimmt J. Am. Chem. Soc. 2004 126 2215 2224
H. Nishioka A. Kimura T. Yamato T. Kawatsu T. Kakitani J. Phys. Chem. B 2005 109 15621 15635
M. I. Mallus M. Aghtar S. Chandrasekaran G. Lüdemann M. Elstner U. Kleinekathöfer J. Phys. Chem. Lett. 2016 1102 1108
Q. Shi L. Chen G. Nan R.-X. Xu Y. Yan J. Chem. Phys. 2009 130 084105
