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Peer Reviewed
See detailExploiting SNP Correlations within Random Forest for Genome-Wide Association Studies
Botta, Vincent ULg; Louppe, Gilles ULg; Geurts, Pierre ULg et al

in PLoS ONE (2014)

The primary goal of genome-wide association studies (GWAS) is to discover variants that could lead, in isolation or in combination, to a particular trait or disease. Standard approaches to GWAS, however ... [more ▼]

The primary goal of genome-wide association studies (GWAS) is to discover variants that could lead, in isolation or in combination, to a particular trait or disease. Standard approaches to GWAS, however, are usually based on univariate hypothesis tests and therefore can account neither for correlations due to linkage disequilibrium nor for combinations of several markers. To discover and leverage such potential multivariate interactions, we propose in this work an extension of the Random Forest algorithm tailored for structured GWAS data. In terms of risk prediction, we show empirically on several GWAS datasets that the proposed T-Trees method significantly outperforms both the original Random Forest algorithm and standard linear models, thereby suggesting the actual existence of multivariate non-linear effects due to the combinations of several SNPs. We also demonstrate that variable importances as derived from our method can help identify relevant loci. Finally, we highlight the strong impact that quality control procedures may have, both in terms of predictive power and loci identification. [less ▲]

Detailed reference viewed: 44 (8 ULg)
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Peer Reviewed
See detailExploiting Socially-Generated Side Information in Dimensionality Reduction
Marcos Alvarez, Alejandro ULg; Yamada, Makoto; Kimura, Akisato

in Proceedings of the 2nd International Workshop on Socially-Aware Multimedia (2013, October)

In this paper, we show how side information extracted from socially-curated data can be used within a dimensionality reduction method and to what extent this side information is beneficial to several ... [more ▼]

In this paper, we show how side information extracted from socially-curated data can be used within a dimensionality reduction method and to what extent this side information is beneficial to several tasks such as image classification, data visualization and image retrieval. The key idea is to incorporate side information of an image into a dimensionality reduction method. More specifically, we propose a dimensionality reduction method that can find an embedding transformation so that images with similar side information are close in the embedding space. We introduce three types of side information derived from user behavior. Through experiments on images from Pinterest, we show that incorporating socially-generated side information in a dimensionality reduction method benefits several image-related tasks such as image classification, data visualization and image retrieval. [less ▲]

Detailed reference viewed: 44 (18 ULg)
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Peer Reviewed
See detailExploiting the combination of natural and genetically engineered resistance to cassava mosaic and cassava brown streak viruses impacting cassava production in Africa.
Vanderschuren, Hervé ULg; Moreno, Isabel; Anjanappa, Ravi B. et al

in PloS one (2012), 7(9), 45277

Cassava brown streak disease (CBSD) and cassava mosaic disease (CMD) are currently two major viral diseases that severely reduce cassava production in large areas of Sub-Saharan Africa. Natural resistance ... [more ▼]

Cassava brown streak disease (CBSD) and cassava mosaic disease (CMD) are currently two major viral diseases that severely reduce cassava production in large areas of Sub-Saharan Africa. Natural resistance has so far only been reported for CMD in cassava. CBSD is caused by two virus species, Cassava brown streak virus (CBSV) and Ugandan cassava brown streak virus (UCBSV). A sequence of the CBSV coat protein (CP) highly conserved between the two virus species was used to demonstrate that a CBSV-CP hairpin construct sufficed to generate immunity against both viral species in the cassava model cultivar (cv. 60444). Most of the transgenic lines showed high levels of resistance under increasing viral loads using a stringent top-grafting method of inoculation. No viral replication was observed in the resistant transgenic lines and they remained free of typical CBSD root symptoms 7 month post-infection. To generate transgenic cassava lines combining resistance to both CBSD and CMD the hairpin construct was transferred to a CMD-resistant farmer-preferred Nigerian landrace TME 7 (Oko-Iyawo). An adapted protocol allowed the efficient Agrobacterium-based transformation of TME 7 and the regeneration of transgenic lines with high levels of CBSV-CP hairpin-derived small RNAs. All transgenic TME 7 lines were immune to both CBSV and UCBSV infections. Further evaluation of the transgenic TME 7 lines revealed that CBSD resistance was maintained when plants were co-inoculated with East African cassava mosaic virus (EACMV), a geminivirus causing CMD. The innovative combination of natural and engineered virus resistance in farmer-preferred landraces will be particularly important to reducing the increasing impact of cassava viral diseases in Africa. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailExploiting the use of DC SCOPF approximation to improve iterative AC SCOPF algorithms
Marano Marcolini, Alejandro; Capitanescu, Florin ULg; Jose Luis, Martinez Ramos et al

in IEEE Transactions on Power Systems (2012), 27(3), 1459-1466

This paper focuses on improving the solution techniques for the AC SCOPF problem of active power dispatch by using the DC SCOPF approximation within the SCOPF algorithm. Our approach brings two benefits ... [more ▼]

This paper focuses on improving the solution techniques for the AC SCOPF problem of active power dispatch by using the DC SCOPF approximation within the SCOPF algorithm. Our approach brings two benefits compared to benchmark SCOPF algorithms: it speeds-up the solution of an iterative AC SCOPF algorithm thanks to a more efficient identification of binding contingencies, and allows improving the objective by an appropriate choice of a limited number of corrective actions for each contingency. The proposed approach is illustrated on 5 test systems of 60, 118, 300, 1203, and 2746 buses. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailExploiting tree-based variable importances to selectively identify relevant variables
Huynh-Thu, Vân Anh ULg; Wehenkel, Louis ULg; Geurts, Pierre ULg

in JMLR: Workshop and Conference Proceedings (2008), 4

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Peer Reviewed
See detailExploiting tree-based variable importances to selectively identify relevant variables
Huynh-Thu, Vân Anh; Wehenkel, Louis ULg; Geurts, Pierre ULg

in Proc. of FSDM08, ECML/PKDD Workshop on New challenges for feature selection in data mining and knowledge discovery (2008)

Detailed reference viewed: 56 (4 ULg)
Peer Reviewed
See detailExploration and Planning in a Three-Level Cognitive Architecture
Kraft, D.; Başeski, E.; Popović, M. et al

in International Conference on Cognitive Systems (CogSys) (2008)

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Peer Reviewed
See detailExploration biologique actuelle du métabolisme du fer
Charlier, Corinne ULg; Plomteux, Guy ULg

in Revue de la Médecine Générale (1995), 123

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See detailExploration cognitive de la dyspraxie développementale
Lejeune, Caroline ULg

Conference given outside the academic context (2011)

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Peer Reviewed
See detailExploration de l’activité physique au sein d’une communauté : l’offre des acteurs locaux du sport
Mouton, Alexandre ULg; Simar, Renaud; Cloes, Marc ULg

Conference (2012, May 24)

Les Belges font actuellement partie des Européens les moins actifs physiquement (EORG, 2010). Il semble dès lors important de s’interroger sur l’efficacité des démarches actuellement entreprises par les ... [more ▼]

Les Belges font actuellement partie des Européens les moins actifs physiquement (EORG, 2010). Il semble dès lors important de s’interroger sur l’efficacité des démarches actuellement entreprises par les acteurs de promotion de l’activité physique (AP), particulièrement au niveau local puisque la commune est considérée comme une véritable plaque tournante en la matière. Dans le cadre d’une approche écologique, notre objectif consistait donc à identifier la place que tient le développement d’un style de vie actif dans le discours des responsables sportifs. Dans cette perspective, 40 responsables d’associations sportives ainsi que les autorités communales ont été interrogés afin de caractériser plus précisément la politique sportive au sein d’une commune belge francophone. Par l’intermédiaire d’entretiens structurés, la collecte des données a permis de préciser les activités proposées, la philosophie, le public cible, l’encadrement, l’accessibilité ou encore les relations entretenues par chacun des acteurs locaux du sport auprès des autorités politiques locales. Notre démarche s’inscrit dans l’analyse des décisions pré-interactives de tout processus visant à intervenir sur le terrain. L’offre sportive proposée dans cette communauté semble quantitativement suffisante lorsque l’on observe le nombre et la diversité des activités sportives proposées. Cependant, une approche plus qualitative permet de rendre compte d’un certain déficit dans la prise en charge spécifique de publics à risque (ainés, femmes), d’un manque de formation pédagogique chez les encadrants sportifs ainsi que d’une accessibilité réduite de plusieurs infrastructures. Enfin, malgré des opinions analogues relatives à la politique locale en matière d’AP, la communication entre les différents responsables d’organisations sportives semble déficiente. Face aux problématiques rencontrées dans cette communauté, les perspectives de développement de stratégies de promotion de l’activité physique selon une approche écologique sont discutées. Les approches multisectorielles mises en place dans d’autres pays européens (HEPA) peuvent notamment servir d’exemples de « bonnes pratiques » (Martin et al., 2006). [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailExploration de l’activité physique au sein d’une communauté : représentations et habitudes des habitants
Mouton, Alexandre ULg; Lucas, Guillaume ULg; Wilkin, Céline et al

Conference (2012, May 24)

Au moins 60% de la population mondiale ne pratique pas le niveau quotidien d’activité physique (AP) recommandé pour qu’en découle des avantages sur la santé. Face à cette problématique, le modèle ... [more ▼]

Au moins 60% de la population mondiale ne pratique pas le niveau quotidien d’activité physique (AP) recommandé pour qu’en découle des avantages sur la santé. Face à cette problématique, le modèle écologique de promotion de l’AP révèle les différents leviers d’actions qui inciteront chaque citoyen à s’engager dans un style de vie plus actif au sein de leur communauté (Sallis et al., 2005). Ce modèle reconnait l’influence des représentations, habitudes et comportements des individus à l’égard de l’AP qui, en tant que déterminants modifiables, devraient être une des cibles des actions de promotion de l’AP dans chaque communauté (Kahn et al., 2002). Notre étude s’inscrit dans un projet visant à promouvoir l’activité physique au sein d’une commune de la région liégeoise. Elle porte plus spécifiquement sur l’identification des habitudes des habitants en matière d’activité physique et sur la notoriété des activités existantes. Un questionnaire a été complété par 141 personnes. Il portait sur certaines caractéristiques sociodémographiques, sur la pratique d’activité physique (IPAQ) et sur les initiatives proposées par la communauté. Par ailleurs, un entretien semi-structuré avec les individus les moins actifs de l’échantillon (n = 21) a été réalisé afin d‘affiner les données disponibles. Les principaux résultats montrent que 52% des habitants interrogés au sein de cette commune n’atteignent pas les recommandations actuelles en matière d’AP. En moyenne, ils ont connaissance de la présence de 1,48 organisation sportive dans leur communauté. Le sexe, l’âge et la saison influencent les résultats obtenus. Les personnes interviewées ont montré une méconnaissance des principaux concepts en rapport avec l’AP. La discussion des résultats met en avant la nécessité d’intervenir auprès de certains publics cible (femmes, ainés) mais également de changer les représentations des habitants quant à l’AP (bienfaits, recommandations, etc.) et d’améliorer la notoriété des opportunités de pratique par une communication mieux adaptée. [less ▲]

Detailed reference viewed: 96 (18 ULg)
See detailExploration de l’administrateur central de la mémoire de travail au moyen de la TEP
Collette, Fabienne ULg

Scientific conference (2002, December)

Detailed reference viewed: 4 (1 ULg)
See detailExploration de l'administrateur central de la mémoire de travail au moyen de la tomographie par émission de positons (TEP)
Collette, Fabienne ULg

in Gueguen, B.; Chauvel, P.; Touchon, J. (Eds.) Neurophysiologie des mémoires (2005)

Detailed reference viewed: 41 (2 ULg)
See detailL'exploration de l'axe hypotalamo-hypophysaire
Beckers, Albert ULg

Scientific conference (1998, February 21)

Detailed reference viewed: 7 (0 ULg)
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See detailExploration de l'axe vasopressinergique dans les hyponatrémies
Legros, Jean-Jacques ULg; Pequeux, Christel ULg

in Gueritée, N.; Leclère, J. (Eds.) Mises au point clinique d'endocrinologie, nutrition et métabolisme 2001 (2001)

Detailed reference viewed: 19 (3 ULg)
Peer Reviewed
See detailExploration de l'effet de simple exposition dans la maladie d'Alzheimer
Willems, Sylvie ULg; Adam, Stéphane ULg; Van der Linden, Martial

in Revue de Neuropsychologie (1999, December 03), 9

Detailed reference viewed: 20 (1 ULg)
See detailExploration de l'effet de simple exposition dans le vieillissement
Willems, Sylvie ULg; Adam, Stéphane ULg; Van der Linden, Martial

in Cognitiques = Cognitics (2000, November 24), 4

La simple exposition répétée à un stimulus conduit les sujets à préférer ce stimulus par rapport à des stimuli non présentés. Nous avons exploré cet effet chez 22 sujets âgés (de 60 à 70 ans) et 22 sujets ... [more ▼]

La simple exposition répétée à un stimulus conduit les sujets à préférer ce stimulus par rapport à des stimuli non présentés. Nous avons exploré cet effet chez 22 sujets âgés (de 60 à 70 ans) et 22 sujets jeunes (de 20 à 30 ans) appariés quant au niveau d’éducation. Dans une première phase, on demande aux sujets d'estimer l'âge de 15 visages-cibles, non familiers. Ces 15 visages sont présentés durant 15 msec., cinq fois dans un ordre aléatoire. Ensuite, on présente aux sujets 15 paires de visages (un visage-cible et un visage non présenté) et on leur demande de choisir le visage qu'ils préfèrent. Enfin, un test de reconnaissance leur est administré. En ce qui concerne le jugement de préférence, les sujets âgés et les sujets jeunes choisissent préférentiellement le visage exposé antérieurement, avec une performance supérieure au hasard. De plus, la performance des deux groupes ne diffère pas significativement. Par contre, la performance des sujets âgés en reconnaissance est significativement inférieure à celle des sujets jeunes. En conclusion, ces résultats indiquent que les processus sous-tendant l'effet de simple exposition sont préservés par le vieillissement en dépit d'une reconnaissance explicite déficitaire. [less ▲]

Detailed reference viewed: 17 (4 ULg)
Peer Reviewed
See detailExploration de l’effet de simple exposition dans le vieillissement
Willems, Sylvie ULg; Adam, Stéphane ULg; Van der Linden, Martial ULg

in Revue de Neuropsychologie (2000, November 25), 9

Detailed reference viewed: 6 (1 ULg)