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Peer Reviewed
See detailEtude de la fiabilité du SMA 12/60.
Vos, A.; Ers, P.; Albert, Adelin ULg et al

in Expansion scientifique française (1973)

Detailed reference viewed: 6 (2 ULg)
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See detailEtude de la fibrose pulmonaire idiopathique canine: analyse du transcriptome, investigation des voies du TGF beta 1 et recherche de biomarqueurs
Krafft, Emilie ULg

Doctoral thesis (2014)

Canine idiopathic pulmonary fibrosis (cIPF) is a fibrotic disease of the pulmonary parenchyma, mainly seen in the West Highland white terrier. It is characterized by exercise intolerance and cough with a ... [more ▼]

Canine idiopathic pulmonary fibrosis (cIPF) is a fibrotic disease of the pulmonary parenchyma, mainly seen in the West Highland white terrier. It is characterized by exercise intolerance and cough with a progressive deterioration until death from respiratory insufficiency. Clinical, tomodensitometric and histological characteristics of cIPF have been described recently. However, this disease remains largely unknown and the clinicians are dealing with two major challenges: confirmation of the diagnosis, which requires many complementary exams, and absence of effective treatment. Identification of a targeted therapy is difficult without having a good understanding of the mechanisms leading to pulmonary parenchyma fibrosis. A similar disease, the idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is recognized in humans and cIPF might be interesting as a spontaneous model. This project in dogs was undertaken to answer, at least partly, to these challenges. The aims were to elucidate some mechanisms involved in cIPF pathogenesis and to identify biomarkers that could be used in the diagnosis process. The hypotheses were first that analysis of the transcriptome through microarray experiment would identify altered biological functions in cIPF, highlight specific molecules with an altered expression and identify potential biomarkers. Another hypothesis was the transforming growth factor beta 1 (TGFB1) pathways, considered central in the pathogenesis of IPF, would also be modified in cIPF. Finally, ET1, a known biomarker in human IPF, might also be an interesting biomarker in dogs. Gene expression analysis through microarray analysis, combined with the use of IPA, a data analysis program, identified altered biological functions in cIPF: cellular growth and proliferation, developmental processes, cellular movement, cell to cell signaling and interaction and antigen presentation. Some genes highlighted in the microarray experiment were then analyzed individually. Quantitative RT-PCR analysis confirmed an upregulation of the expression of CCL2, CCL7, CXCL14, IL8 and FAP (fibroblast activation protein) as well as a downregulation of the expression of PLUNC (palate, lung and nasal epithelium associated). We then complete the gene expression analysis with a search for potential biomarkers. Thirty-four potential biomarkers were identified with 32 biomarkers potentially measurable in blood (including CCL2, serum amyloid 1, IL8) and 2 biomarkers measurable only in the bronchoalveolar lavage fluid (BALF) (PLUNC and mesothelin). This approach was validated by measurement in serum of one of this biomarker: CCL2. CCL2 serum concentration was higher in affected WHWT compared to healthy WHWT and also higher in dogs with cIPF compared to dogs with chronic bronchitis (CB) or eosinophilic bronchopneumopathy (EBP). Based on serum CCL2 determination, cIPF was diagnosed with a sensibility of 92% and a specificity of 80%. We then studied TGFB1 and part of its storage, activation and signaling pathways. TGFB1 gene expression was not significantly different in the pulmonary parenchyma between affected and control dogs. However, in affected dogs, increased TGFB1 protein levels were seen by immunohistochemistry in fibrotic areas. High expression of bothTGFB1 type I receptor and phosphorylated Smad2/3, markers of an active intracellular TGFB1 signal, were seen in epithelial cells. No difference in expression for the storage proteins LTBP1 and LTBP2 was seen while expression of LTBP4 was significantly decreased in dogs with cIPF. Concerning the proteins involved in TGFB1 activation, gene expression was decreased for integrin subunit β8, increased for thrombospondin-1 and not modified for integrin subunit β6. Expression of Smad 7, involved in intracellular TGFB1 signal inhibition, was not modified. No difference for TGFB1 serum concentration was seen between WHWT with cIPF and healthy WHWT. A multivariate analysis performed on healthy dogs showed no age effect but a significant breed effect with higher levels in predisposed breeds. We evaluated part of the serotonin pathway, as one of its receptor (5HTR2B) was highlighted during the gene expression analysis. Serotonin has also been involved in the pathogenesis of human IPF and described to be of potential use as a biomarker in degenerative mitral valve disease in dogs. Expression of 2 serotonin receptors (5HTR2A and 5HTR2B), evaluated by quantitative RT-PCR in pulmonary tissue, was not different between dogs with cIPF and control dogs while expression of the serotonin transporter (5HTT) was significantly lower in affected dogs. No difference in serotonin serum level was seen between affected and healthy WHWT or between dogs with cIPF, CB or EBP. ET1 was evaluated as a biomarker in serum and BALF. ET1 serum concentration was not different between healthy WHWT and Beagles. Covariance analysis did not reveal any significant age effect. Serum levels were significantly higher in dogs with cIPF compared to dogs with CB or EBP. ROC curve analysis was then used to evaluate its diagnostic performances. The area under the curve was 0,818 with a sensitivity of 91.7% and a specificity of 87.5%. ET1 was also measured in the BALF in a small number of dogs. Its concentration was measurable in all dogs with cIPF while it was below the detection limit in all other dogs tested (healthy and with CB). Even though cIPF and human IPF are not completely identical from clinical, tomodensitometric or histological points of view, these results show that both canine and human diseases share molecular pathways, supporting the idea that cIPF might have an interest as spontaneous model. This work allowed a better understanding of cIPF pathogenesis. Gene expression analysis in the pulmonary parenchyma of affected dogs first identified several altered biological functions that should be analyzed in details in further studies. A more targeted analysis of some genes confirmed an upregulated expression of CCL2, CCL7, CXCL14, IL8 and FAP. Such a positive regulation of the expression of various inflammatory cytokines tends to suggest that inflammation might have a role in cIPF pathogenesis. Some of these cytokines also have profibrotic properties. PLUNC was one of the top down-regulated genes. Roles of the protein are still largely unknown; it might have a role in the inflammatory response and in the innate immunity. Developmental pathways were also altered in cIPF and quantitative RT-PCR confirmed an upregulation of FAP, a protein normally expressed in areas of tissue remodeling during fetal development and also positively regulated in human IPF. This study has shown that there is an active TGFB1 signal in the lungs of dogs with cIPF, especially at the level of the pathological epithelium. TGFB1 storage and activation pathways also seemed to be altered. Elevated TGFB1 circulating levels were found in predisposed breeds, which might explain at least partly their susceptibility for cIPF. Because of these results and its well-known profibrotic properties, we can suggest that TGFB1 is probably involved in cIPF pathogenesis and that modulation of its storage, activation or intracellular signaling might offer potential therapeutic targets. Our preliminary results are not in favor of a significant modification of the serotonin pathways in cIPF, although a decreased expression of 5HTT was seen in affected dogs and might have an impact on the amount of serotonin present locally. However, other studies are needed to conclude. Finally, several potential biomarkers have been identified and some of them were evaluated in details. While serum measurements performed for TGFB1 and serotonin indicated that these molecules have no interest as diagnostic biomarkers, ET1 and CCL2 were identified as interesting candidates with good diagnostic performances. However these results need to be confirmed in an independent validation cohort and the interest of combining both biomarkers should be evaluated. [less ▲]

Detailed reference viewed: 58 (3 ULg)
See detailEtude de la filière "pommes de terre" en Pologne
Gazinski, Benon; Burny, Philippe ULg

Report (1995)

Detailed reference viewed: 8 (4 ULg)
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See detailEtude de la filière industrielle des énergirs renouvelables
Scheuren, Claude; Andre, Philippe ULg; Germani, David et al

Report (2010)

Rapport final du projet Firewal2, réalisé en collaboration avec l'asbl Energy Factor 4

Detailed reference viewed: 35 (9 ULg)
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See detailEtude de la flore bactérienne de steacks tartares prélevés en boucherie, sandwicherie et restaurant par analyse métagénomique ciblée sur l’ADN ribosomial 16S.
Taminiau, Bernard ULg; Delhalle, Laurent ULg; Nezer, Carine et al

Poster (2012, May 24)

Etude de la flore bactérienne de steacks tartares prélevés en boucheries, sandwicheries et restaurants par analyse métagénomique ciblée sur l’ADN ribosomial 16S. Taminiau B.1, Delhalle L 2, Nezer C.2 ... [more ▼]

Etude de la flore bactérienne de steacks tartares prélevés en boucheries, sandwicheries et restaurants par analyse métagénomique ciblée sur l’ADN ribosomial 16S. Taminiau B.1, Delhalle L 2, Nezer C.2, Daube G 1 1 Université de Liège, Faculté de Médecine Vétérinaire, Département des Sciences des Denrées Alimentaires ; Sart Tilman B43 Bis, 4000 Liège, Belgique ; T+32 (0)4 366 40 29 / F+32 (0)4 366 40 44 2 Quality Partner sa, 62 Rue Hayeneux, 4040 Herstal, Belgique ; T+32 (0)4 240 75 00 / F+32 (0)4 240 75 10 Bernard.taminiau@ulg.ac.be Le steak tartare est une préparation à base de viande hachée de boeuf crue assaisonnée et souvent additionnée de condiments. Cette préparation est souvent accompagnée de frites ou étalée dans un sandwich. L’utilisation de viande crue et la composition de cet aliment rend cette préparation très sensible à l’altération d’origine bactérienne. Une meilleure compréhension de la flore bactérienne composant ce produit est indispensable pour contrôler et comprendre les phénomènes d'altération. L'analyse métagénomique ciblée a permis de caractériser les populations bactériennes de plusieurs échantillons de steak tartare achetés dans deux boucheries, deux sandwicheries et deux restaurants et analysés le jour-même. Une analyse classique microbiologique a été réalisée en parallèle. L'analyse métagénomique a été ciblée sur deux régions différentes de l'ADNr 16S bactérien (V&-V3 et V5-V6), afin de comparer l'efficacité d'identification des bactéries présentes. L’analyse métagénomique a permis de collecter un total de 60.500 séquences pour les 6 échantillons analysés par les deux approches et 356 espèces bactériennes différentes ont pu être identifiées via la région V1-V3. Lactobacillus algidus est la principale espèce présente (52% des séquences totales analysées), suivie par Pseudomonas sp. (8,43%) et Photobacterium phosphoreum (7,92%). L'analyse des résultats montre des différences remarquables entre les trois sources commerciales de steak tartare. Les échantillons provenant des deux boucheries et d’un restaurant étaient principalement composés de populations de Lactobacillus et, dans une moindre mesure, de contaminants environnementaux, comme Xanthomonas campestris. Les échantillons provenant de l'un des deux restaurants étaient fortement contaminés par des Leuconostocaceae comme Leuconostoc carnosum ou Weissella sp., ou avec des gamma-protéobactéries comme Pseudomonas sp. ou Psychrobacter sp. Ces derniers échantillons présentaient aussi des signes d’altérations (mauvaise odeur, aspect) qui peuvent ainsi être mis en relation avec la nature et le niveau des populations bactériennes identifiées. Les échantillons provenant des sandwicheries et probablement issues de filières de production industrielles étaient faiblement contaminés mais avec une grande variabilité dans les flores identifiées. Beaucoup d’entre elles ne sont pas classiquement décrites dans les viandes crues et doivent provenir des autres ingrédients. La combinaison du séquençage haut débit couplé à la bioinformatique est désormais un outil puissant pour l’analyse microbiologique des denrées alimentaires. Son application peut être étendue à pratiquement tous les aliments. Enfin, cette technologie ouvre de nouvelles perspectives aux industries agro alimentaires pour améliorer leurs procédés de fabrication, leurs recettes et leurs méthodes de conservation. [less ▲]

Detailed reference viewed: 84 (11 ULg)
See detailEtude de la flore spontanée de la carrière de Loën pour de futures restaurations
Pitz, Carline ULg; Mahy, Grégory ULg; Monty, Arnaud ULg et al

Conference given outside the academic context (2014)

This project aims to characterize the flora that spontaneously recolonize non recently exploited areas in one group quarry (Loën) from the point of view of species diversity and ecological functionality ... [more ▼]

This project aims to characterize the flora that spontaneously recolonize non recently exploited areas in one group quarry (Loën) from the point of view of species diversity and ecological functionality. Plant communities will be compared with observed plant communities characterized in longest abandoned quarries in the same regions (same pool of potential species) and known plant communities of the dry grassland habitats reference. The project will establish the potential for restoration of dry grasslands in the study site and established for the quarry studied the basic principles of future restoration plans. [less ▲]

Detailed reference viewed: 4 (2 ULg)
See detailEtude de la flore spontanée de la carrière de Loën pour de futures restaurations - Rapport final
Pitz, Carline ULg; Mahy, Grégory ULg; Monty, Arnaud ULg et al

Report (2014)

Ce projet a pour objectif de caractériser la flore recolonisant spontanément les zones xériques non exploitées récemment de la carrière de Loën, du point de vue de la diversité spécifique et de la ... [more ▼]

Ce projet a pour objectif de caractériser la flore recolonisant spontanément les zones xériques non exploitées récemment de la carrière de Loën, du point de vue de la diversité spécifique et de la fonctionnalité écologique. Les communautés végétales ont été caractérisées au sein du site de Loën (diversité alpha) et d’un ensemble d’autres carrières représentatives de la diversité des contextes géographiques des carrières calcaires en Région Wallonne (diversité béta). L’étude a montré que, sur des laps de temps de plusieurs décennies, un processus de succession écologique s’est mis en place au sein du site de Loën, mais que cette succession ne tend pas vers une formation typique de pelouse sèche. Les explications peuvent être d’une part, que la disponibilité et l’apport de graines de pelouses sèches avoisinantes est insuffisant, et d’autre part, que le contexte abiotique pourrait être plus favorable à d’autres types de végétations herbacées. Cette étude illustre que des expériences de semis seraient souhaitable afin de définir les objectifs de restauration de la carrière de Loën et des carrières qui se trouvent dans des situations comparables. [less ▲]

Detailed reference viewed: 29 (4 ULg)
See detailEtude de la flore spontanée de la carrière de Loën pour de futures restaurations - Résultats
Pitz, Carline ULg; Mahy, Grégory ULg; Monty, Arnaud ULg et al

Conference given outside the academic context (2014)

Ce projet a pour objectif de caractériser la flore recolonisant spontanément les zones xériques non exploitées récemment de la carrière de Loën, du point de vue de la diversité spécifique et de la ... [more ▼]

Ce projet a pour objectif de caractériser la flore recolonisant spontanément les zones xériques non exploitées récemment de la carrière de Loën, du point de vue de la diversité spécifique et de la fonctionnalité écologique. Les communautés végétales ont été caractérisées au sein du site de Loën (diversité alpha) et d’un ensemble d’autres carrières représentatives de la diversité des contextes géographiques des carrières calcaires en Région Wallonne (diversité béta). L’étude a montré que, sur des laps de temps de plusieurs décennies, un processus de succession écologique s’est mis en place au sein du site de Loën, mais que cette succession ne tend pas vers une formation typique de pelouse sèche. Les explications peuvent être d’une part, que la disponibilité et l’apport de graines de pelouses sèches avoisinantes est insuffisant, et d’autre part, que le contexte abiotique pourrait être plus favorable à d’autres types de végétations herbacées. Cette étude illustre que des expériences de semis seraient souhaitable afin de définir les objectifs de restauration de la carrière de Loën et des carrières qui se trouvent dans des situations comparables. [less ▲]

Detailed reference viewed: 8 (3 ULg)
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Peer Reviewed
See detailÉtude de la fonction Fc-récepteur du système mononucléé phagocytaire dans les affections immunes
Malaise, Michel ULg; Foidart, J.; Hoyoux, C. et al

in Bulletin et Mémoires de l'Académie Royale de Médecine de Belgique (1985), 140(10), 362-367

Detailed reference viewed: 6 (0 ULg)
See detailEtude de la fonction thymique après greffe de cellules souches hématopoïétiques
Hannon, Muriel ULg

Master's dissertation (2007)

Detailed reference viewed: 1 (1 ULg)
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See detailEtude de la fragmentation d'un paysage cas de la forêt de Uapaca Bojeri, Madagascar
de Haulleville, Thalès ULg; Bogaert, Jan ULg

Scientific conference (2012, October 16)

Detailed reference viewed: 57 (6 ULg)
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See detailEtude de la glycoprotéine L de l'herpèsvirus bovin 4 et de sa protection vis-à-vis des anticorps neutralisants
Lété, Céline ULg

Doctoral thesis (2012)

L’herpèsvirus bovin 4 (BoHV-4) appartient à la famille des Herpesviridae qui comprend un nombre important de pathogènes classés en trois sous-familles (alpha-, beta, et gamma-herpesvirinae) (Ackermann ... [more ▼]

L’herpèsvirus bovin 4 (BoHV-4) appartient à la famille des Herpesviridae qui comprend un nombre important de pathogènes classés en trois sous-familles (alpha-, beta, et gamma-herpesvirinae) (Ackermann, 2004). Parmi les gammaherpèsvirus, l’Epstein Barr virus (EBV) et l’herpèsvirus associé au sarcome de Kaposi (KSHV) sont responsables de pathologies humaines importantes. Etant donné que ces deux virus se multiplient mal in vitro et n’ont pas de modèle in vivo, le BoHV-4 représente un modèle plus accessible pour l’étude de ces pathogènes humains. Etant donné que les herpèsvirus sont réexcrétés après qu’une réponse immune spécifique se soit mise en place, ces virus ont dû développer un cycle d’infection élaboré leur permettant d’échapper à la neutralisation par les anticorps spécifiques de l’hôte. Comme les anticorps neutralisants agissent principalement en bloquant l’entrée des virions au sein des cellules cibles, il est nécessaire, afin d’améliorer le contrôle de ces infections, de connaître avec précision les mécanismes d’entrée de ces virus au sein des cellules cibles. Contrairement à la plupart des virus enveloppés qui n’utilisent qu’une seule protéine de fusion pour l’entrée, les herpèsvirus utilisent un complexe de fusion conservé composé des glycoprotéines gB, gH et gL (Connolly et al., 2011). La glycoprotéine gB, essentielle à l’infection chez les herpèsvirus, est une protéine de fusion de classe III(Roche et al., 2007). Cependant, gB seule ne peut opérer la fusion et requiert la présence des glycoprotéines gH et gL associées en hétérodimère. Ce complexe est une cible majeure de neutralisation chez plusieurs herpèsvirus (Gill et al., 2006) indiquant son implication dans l’entrée du virus. Plusieurs études rapportent que gH pourrait avoir un rôle effecteur dans la fusion et agir comme une glycoprotéine de fusion de classe I(Gianni et al., 2005). Cependant, la récente cristallisation du complexe gH/gL chez l’HSV-2 et l’EBV (Chowdary et al., 2010; Matsuura et al., 2010) suggère que celui-ci n’agit vraisemblablement pas comme co-fusogène mais intervient plutôt pour réguler la fusion de gB. Quant à la glycoprotéine gL, son rôle propre est controversé. Certains auteurs soutiennent que gL n’agit qu’en tant que protéine chaperon pour gH (Hutchinson et al., 1992), d’autres affirment qu’elle est également impliquée dans l’attachement (Gillet et al., 2008b). Considérée comme essentielle jusqu’à présent, une étude a récemment montré que la gL de l’herpèsvirus murin 4 (MuHV-4) est non essentielle pour l’infection (Gillet et al., 2007b). Afin de mieux comprendre les mécanismes d’entrée des gammaherpèsvirus au sein de leurs cellules cibles et dès lors pouvoir mieux combattre ces infections, ce travail a été consacré à l’étude de la glycoprotéine L du BoHV-4. Il s’articule en 3 volets. Le premier volet étudie l’implication de gL dans l’entrée virale. La seconde partie étudie gL en tant que cible potentielle de neutralisation. Enfin, dans le dernier volet de ce travail, nous nous sommes intéressés plus spécifiquement à la protection de la glycoprotéine L vis-à-vis des anticorps neutralisants.   1. La glycoprotéine L de l’herpèsvirus bovin 4 est non essentielle pour l’infectivité mais déclenche l’endocytose des virions pendant l’entrée. Afin d’étudier les conséquences fonctionnelles de l’absence de gL sur l’infection par le BoHV-4, nous avons généré un virus recombinant déficient pour la glycoprotéine gL. Les virions dépourvus de gL présentent une altération de la glycosylation de gH et une incorporation moindre de gH au sein des virions, bien que ceux-ci restent infectieux. L’absence de gL s’accompagne d’un important retard de croissance virale associé à un déficit d’entrée. Ce déficit d’entrée survient à une étape postérieure à l’attachement mais antérieure à la fusion. Enfin, grâce à la réalisation de marquages immunofluorescents de virions lors de l’entrée dans la cellule cible, nous avons pu montrer que ce déficit d’entrée associé à l’absence de gL est lié à un retard d’endocytose et à un défaut de migration vers les endosomes tardifs de la cellule. En conclusion, la glycoprotéine L du BoHV-4 est non essentielle mais intervient dans l’endocytose des virions attachés en surface cellulaire. 2. Etude de la glycoprotéine gL en tant que cible de la neutralisation. Au cours de la deuxième étude, nous avons voulu déterminer l’implication de gL dans le cycle naturel du virus et dans la neutralisation de celui-ci. Une expérience in vivo réalisée chez le lapin a mis en évidence que l’absence de gL n’avait pas d’impact significatif sur l’établissement et le maintien de la latence du BoHV-4. Nous avons également montré que l’absence de gL n’affectait pas quantitativement la réponse humorale à l’encontre du BoHV-4. Par contre, des expériences de neutralisation menées avec des séra provenant de lapins infectés avec la souche sauvage ou avec la souche n’exprimant plus la glycoprotéine L ont montré l’importance de la glycoprotéine L dans la ,neutralisation virale. En effet, l’absence d’anticorps dirigés contre la gL ou contre des épitopes dépendant de sa présence réduisait de manière importante le pouvoir neutralisant des séra. Nous avons donc pu conclure que la glycoprotéine L, ou des épitopes dépendants de sa présence, sont des cibles majeures de neutralisation. 3. Etude de la protection de la glycoprotéine L vis-à-vis des anticorps neutralisants. Parmi les mécanismes de résistance des virus à la neutralisation, plusieurs études ont mis en évidence l’utilisation de boucliers de glycans (« Glycan shield ») par différents virus(Lee et al., 2008a; Wei et al., 2003b). Nous nous sommes donc intéressés au rôle des glycans dans l’évasion par le BoHV-4 des anticorps neutralisants. Nous avons dans un premier temps montré que les glycans protègent de la neutralisation. Nous avons ensuite identifié, grâce à la réalisation du protéome structural du BoHV-4 en collaboration avec l’équipe du Professeur Wattiez, 4 protéines massivement glycosylées au sein du virion à savoir gB, gL, gH et gp 180. Nous nous sommes d’abord intéressés à gp 180, celle-ci étant la protéine potentiellement la plus glycosylée. Nous avons montré que gp 180 est massivement O-glycosylée et que les virus n’exprimant plus gp 180 sont plus neutralisés par le sérum que les virus sauvage et révertant. De plus, l’absence de gp180 augmente l’accessibilité des glycoprotéines gB, gH et gL à leur anticorps spécifiques. Gp180 et ses glycans semble donc jouer le rôle de « glycan shield » à la surface du BoHV-4. En parallèle, nous avons investigué le rôle de la glycosyltransférase encodée par le gène Bo17 du BoHV-4. Nous avons montré que la glycoprotéine gp 180 est une des cibles de cette glycosyltransférase. Etant donné que le gène Bo17 subit un phénomène d’épissage alternatif qui génère soit une protéine entière enzymatiquement active soit une protéine plus courte dont l’activité enzymatique est supprimée, nous avons généré et caractérisé des virus recombinants n’exprimant que la forme longue ou que la forme courte de Bo17. Grâce à ces virus, nous avons pu montrer que le BoHV-4, via le splicing alternatif du gène Bo17, est capable de moduler la glycosylation de gp180. Dans le futur, nous voulons étudier les conséquences de ces observations sur la neutralisation du BoHV-4. Ce travail devrait nous permettre de comprendre le rôle potentiel de Bo17 et de son épissage dans la biologie de l’infection par le BoHV-4. En conclusion, ce travail a permis de mettre en évidence la complexité du mécanisme d’entrée des gammaherpèsvirus nécessaire à la protection des épitopes vulnérables de la neutralisation par les anticorps. Ce travail a aussi démontré l’importance de la O-glycosylation dans ce processus. Les données générées ont illustré la complexité des interactions glycans-virus-cellules hôtes et ont constitué une première base pour des perspectives tant fondamentales qu’appliquées. [less ▲]

Detailed reference viewed: 82 (19 ULg)