FATAL ALVEOLAR ECHINOCOCCOSIS OF THE LUMBAR SPINE

in Journal of Clinical Microbiology (2012)

For the last ten years, the southern part of Belgium has been recognized as a low-risk endemic area for alveolar echinococcosis. This infection, caused by Echinococcus multilocularis, usually induces a ... [more ▼]

For the last ten years, the southern part of Belgium has been recognized as a low-risk endemic area for alveolar echinococcosis. This infection, caused by Echinococcus multilocularis, usually induces a severe liver condition, and can sometimes spread to other organs. However, alveolar echinococcosis involving bones has been described only very rarely. Here, a fatal case of spondylodiscitis due to E. multilocularis contracted in southern Belgium is reported. [less ▲]

Molecular epidemiology of norovirus in symptomatic and asymptomatic population in Burkina Faso

Poster (2012, September)

Background Noroviruses (NoV), belonging to the family Caliciviridae, are now recognized as the leading cause of gastroenteritis outbreaks worldwide, and represent an important cause of sporadic ... [more ▼]

Background Noroviruses (NoV), belonging to the family Caliciviridae, are now recognized as the leading cause of gastroenteritis outbreaks worldwide, and represent an important cause of sporadic gastroenteritis in both children and adults. Many studies describe NoV epidemiology. However, few data are available about the NoV strains circulating in most of African countries, in particular in Burkina Faso. The population of Burkina Faso is characterized by the young age of its habitants, and most are living in rural environment. Objectives The purpose of this epidemiological study was to determine the prevalence of NoV in Bobo Dioulasso (Southern part of Burkina Faso) by molecular diagnosis methods in patients presenting or not gastroenteritis symptoms, to quantify the excreted viral load, and to genotype the circulating strains. Methods Patients with and without gastro-intestinal disorders were selected in several Health Care Centres of Bobo Dioulasso. Clinical and epidemiological data, as well as stool samples, were collected during 8 weeks through March to April 2011. Viral genomic RNA was automatically extracted with a Maxwell® (Promega) instrument. Molecular detection of genogroups (G) I, II and IV NoV in stool samples was performed by a home-made real-time RT-PCR targeting the ORF1-ORF2 polymerase junction region. For each positive sample, viral load was estimated by using standard curves (successive dilutions of recombinant GI and GII plasmids). Molecular characterization was performed on the detected strains, using both polymerase and capsid regions. Results NoV were detected in 21.6% of the 453 collected stool samples, with a distribution of 21.0% and 23.1% in the samples from the 319 symptomatic (SP) and the 134 asymptomatic patients (AP) respectively. Genogroup distribution was 7.2% for GI, 10.7% for GII and 3.1% for both GI and GII among SP’s samples, and was 11.2% for GI, 10.4% for GII and 1.5% for both GI and GII among AP’s samples. Average viral load values were higher for GI NoV in SP than in AP (p=0.02), when they were higher for GII NoV in AP than in SP (p=0.04). Phylogenic analysis showed a high degree of genotypical diversity in both groups of patients. One recombinant strain GII.7/GII.6 was also detected, to our knowledge, for the first time. Conclusion Even if a true pathogenic role of NoV could not be showed from the study design, it allowed to precise the molecular epidemiology of NoV strains prevalent in a representative country of the East African region. It also showed that asymptomatic patients could play an important role as a NoV “reservoir”. Despite the fact that GII strains, and more precisely those belonging to GII.4 genotype, are nowadays highly reported worldwide, the surprising proportion of NoV GI detected in this study suggests that GI and GII strains should be excreted in equal proportion in the environment. The origin of this epidemiologic difference, even if partially explained by the difference in immunity and genetic sensitivity of the population, is still to be solved. [less ▲]

Typage des souches de Norovirus circulant dans les populations symptomatiques et asymptomatiques au Burkina Faso

Poster (2012)

Appartenant à la famille des Caliciviridae, genre Norovirus, les norovirus (NoV) sont des virus non enveloppés dont le génome est composé d’un ARN monocaténaire de polarité positive ... [more ▼]

Appartenant à la famille des Caliciviridae, genre Norovirus, les norovirus (NoV) sont des virus non enveloppés dont le génome est composé d’un ARN monocaténaire de polarité positive d’approximativement 7,5 kb. Les NoV infectent l’homme chez qui ils représentent au niveaumondial un agent majeur de gastroentérites épidémiques, d’origine souvent alimentaire mais aussi sporadique, et ce, toutes classes d'âges confondues. Les souches humaines sont classées génétiquement dans différents génotypes au sein de trois des cinq génogroupes, nommés (G) I, II et IV, composant le genre Norovirus. La voie de transmission des NoV est féco-orale. Les NoV sont très résistants dans l’environnement et la dose infectieuse est faible. Dans la population humaine, une grande diversité de souches appartenant principalement aux G I et II co-circulent. Parmi ces souches, le génotype Lordsdale (GII-4) est prédominant dans les épidémies actuelles, notamment lorsqu'une transmission de personne à personne est incriminée, alors que les souches du G I semblent plus fréquemment rapportées au cours des épidémies d’origine environnementale, comme celles liées à la consommation de fruits de mer. Si de nombreuses études d'épidémiologie moléculaire concernant ces virus ont été réalisées dans les pays industrialisés, les données sont par contre manquantes ou ténues pour bien des pays non industrialisés, et en particulier africains. Au cours d'une étude épidémiologique réalisée à Bobo Dioulasso au Burkina Faso et portant sur la prévalence des NoV dans les échantillons de selles de patients présentant ou non des symptômes de gastro-entérite, les souches détectées ont été quantifiées, leur génogroupe a été déterminé et pour certaines d'entre elles le génotype a été précisé. Quatre cent cinquante trois patients ont été prélevés, dont 319 présentant des symptômes diarrhéiques et 134 sujets témoins ne présentant pas de symptomatologie digestive. La détection des NoV et la quantification des charges virales excrétées ont été effectuées sur tous les échantillons par RT-PCR en temps réel permettant de discriminer les souches appartenant aux G I ou II. Une RT-PCR conventionnelle visant les régions de la polymérase (ORF1 du virus) ou de la capside (ORF2) a ensuite été réalisée sur une partie des échantillons détectés positifs en vue du séquençage de ces régions. Les relations phylogénétiques des souches circulant dans la population du Burkina Faso aux souches de référence ont aussi été inférées. Les résultats de RT-PCR en temps réel ont permis de mettre en évidence que les prévalences apparentes de l'infection par les NoV sont similaires dans les populations symptomatique et asymptomatique : une détection moléculaire de NoV chez 67 patients présentant de la diarrhée (21,0 %) et chez 31 des sujets témoins (23,1 %) a pu être observée. Les génotypes circulant détectés sont très variés dans les deux génogroupes, avec une proportion assez surprenante de NoV appartenant au G I. Université polytechnique de Bobo-Dioulasso, Institut supérieur des Sciences de la Santé (INSSA), Bobo-Dioulasso, Burkina Faso. Cette étude a permis de préciser l'épidémiologie moléculaire des souches de NoV circulant dans un pays représentatif de l'Afrique de l'Ouest. Elle a également montré que des individus asymptomatiques pourraient jouer un rôle assez important de réservoir du virus. Elle souligne enfin que, malgré le fait que les souches GII, et en particulier celles de génotype GII.4, soient à l'heure actuelle rapportées majoritairement au niveau mondial, les souches G I doivent être excrétées en égale proportion dans l'environnement. L'origine épidémiologique de la différence entre les prévalences apparentes des infections par les souches de GI et de GII, bien que partiellement expliquée par les différences de sensibilité génétique et d'immunité de population, reste donc à élucider. Remerciements: à la fondation A. Seghers, au Centre de Coopération au Développement de l'Université de Liège, à R. Boreux (assistance technique), aux membres du laboratoire du CMA de Dô et aux agents de santé de Bobo-Dioulasso (Burkina-Faso). [less ▲]

Les Norovirus : grands coupables méconnus de gastro-entérites

in Revue de la Médecine Générale [=RMG] (2011), (285), 316-321

Recently, noroviruses emer- ged worldwide as a main and frequent cause of sporadic and epidemic gastroenteritis. The symptomatology they cause is usually benign. Their real impact lies on Public Health ... [more ▼]

Recently, noroviruses emer- ged worldwide as a main and frequent cause of sporadic and epidemic gastroenteritis. The symptomatology they cause is usually benign. Their real impact lies on Public Health and Food Safety levels. [less ▲]

Filamentous fungi recovered from the water distribution system of a Belgian university hospital

in Medical Mycology (2010), 48(7), 969-974

A study was carried out over a 4-month winter period in order to assess the presence of filamentous fungi in the water distribution system of the University Hospital of Liège. A total of 197 hot and cold ... [more ▼]

A study was carried out over a 4-month winter period in order to assess the presence of filamentous fungi in the water distribution system of the University Hospital of Liège. A total of 197 hot and cold water samples were collected from the main water supply lines and from the taps at three different hospital sites. Overall, filamentous fungi were recovered from 55% and 50% of the main water distribution system and tap water samples, respectively, with a mean of 3.5 ± 1.5 colony forming units per 500 ml water. Nine different genera were identified, all belonging to the Hyphomycetes class. Aspergillus spp. were recovered from 6% of the samples of the water distribution system and A. fumigatus was the most frequently recovered species (66.6%). However, this species was not isolated from water taps. Fusarium spp. was predominant at one site, where it was found in 28% of tap water samples. No Aspergillus spp. but some Fusarium spp. isolates were identified in samples collected from high-risk units. Filters were introduced at the point-of-use in the haematology unit after completion of the study. The findings of the present study confirm the need for further documented studies to evaluate the safety of the hospital water system and to define new preventive measures. [less ▲]

Travaux pratiques de microbiologie générale

Learning material (2010)

Le syllabus reprend les méthodologies utilisées pour l'étude des bactéries, levures, virus. Il décrit les réactions sérologiques et les principes de biologie moléculaire appliqués au diagnostic ... [more ▼]

Le syllabus reprend les méthodologies utilisées pour l'étude des bactéries, levures, virus. Il décrit les réactions sérologiques et les principes de biologie moléculaire appliqués au diagnostic microbiologique. [less ▲]

Comparison of the value of fungal culture and galactomannan detection in nasal secretions obtained by three non-invasive sampling methods in the diagnosis of canine sinonasal aspergillosis

in Proceedings of the 19th ECVIM-CA Congress (2009, September)

Comparison of three serological tests for the diagnosis of canine sino-nasal aspergillosis.

in Proceedings of the 18th ECVIM-CA Congress (2008, September)

Presenec of extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae in the fecal flora of patients from general practice

in ECCMID (Ed.) Program and Abstracts book of the 18th ECCMID (2008, April)

Liaison VZV IgG and VZV IgM assays: a comparative study

Poster (2007, September)