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Peer Reviewed
See detailUnified method to integrate and blend several, potentially related, sources of information for genetic evaluation
Vandenplas, Jérémie ULg; Colinet, Frédéric ULg; Gengler, Nicolas ULg

in Genetics, Selection, Evolution (2014), 46

Background A condition to predict unbiased estimated breeding values by best linear unbiased prediction is to use simultaneously all available data. However, this condition is not often fully met. For ... [more ▼]

Background A condition to predict unbiased estimated breeding values by best linear unbiased prediction is to use simultaneously all available data. However, this condition is not often fully met. For example, in dairy cattle, internal (i.e. local) populations lead to evaluations based only on internal records while widely used foreign sires have been selected using internally unavailable external records. In such cases, internal genetic evaluations may be less accurate and biased. Because external records are unavailable, methods were developed to combine external information that summarizes these records, i.e. external estimated breeding values and associated reliabilities, with internal records to improve accuracy of internal genetic evaluations. Two issues of these methods concern double-counting of contributions due to relationships and due to records. These issues could be worse if external information came from several evaluations, at least partially based on the same records, and combined into a single internal evaluation. Based on a Bayesian approach, the aim of this research was to develop a unified method to integrate and blend simultaneously several sources of information into an internal genetic evaluation by avoiding double-counting of contributions due to relationships and due to records. Results This research resulted in equations that integrate and blend simultaneously several sources of information and avoid double-counting of contributions due to relationships and due to records. The performance of the developed equations was evaluated using simulated and real datasets. The results showed that the developed equations integrated and blended several sources of information well into a genetic evaluation. The developed equations also avoided double-counting of contributions due to relationships and due to records. Furthermore, because all available external sources of information were correctly propagated, relatives of external animals benefited from the integrated information and, therefore, more reliable estimated breeding values were obtained. Conclusions The proposed unified method integrated and blended several sources of information well into a genetic evaluation by avoiding double-counting of contributions due to relationships and due to records. The unified method can also be extended to other types of situations such as single-step genomic or multi-trait evaluations, combining information across different traits. [less ▲]

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See detailPotentiel d'utilisation de la spectrometrie moyen infrarouge pour prédire le rendement fromager du lait et étudier sa variabilité génétique
Colinet, Frédéric ULg; Troch, Thibault ULg; Abbas, O. et al

Conference (2013, December 04)

Providing a quick, reliable and cheap indication of the expected cheese yield for a milk sample by avoiding (empirical or theoretical) formulas based on previously determined milk constituents would be an ... [more ▼]

Providing a quick, reliable and cheap indication of the expected cheese yield for a milk sample by avoiding (empirical or theoretical) formulas based on previously determined milk constituents would be an economically valuable tool useful for farmers and the dairy industry. In order to study the genetic variability of cheese yield on a large scale, mid-infrared (MIR) chemometric methods were used to predict fresh or dry Individual Laboratory Cheese Yield (RdFF and RdFS, respectively). RdFF and RdFS were determined on a total of 258 milks samples also analyzed by a MIR spectrometer. Equations to predict RdFF and RdFS from milk MIR spectra were developed using partial least square regression (PLS) after first derivative pre-traitment applied to the spectra. The cross-validation coefficients of determination (R²cv) of the two equations were equal to 0.81 for the prediction of RdFF and 0.82 for the prediction RdFS. The ratios of performance to deviation (RPD) of the two equations were both equal to 2.3. Therefore, these results suggest a practical utility of these two equations, i.e. for genetic research. Both equations were applied on the spectral database generated during the Walloon routine milk recording. The variances components were estimated using univariate random regressions animal test-day model. The dataset included 51 537 predicted records from 7 870 Holstein first-parity cows. Estimated daily heritabilities ranged from 0.31 (at 5th day in milk (DIM)) to 0.59 (at 279th DIM) for RdFF and from 0.31 (at 5th DIM) to 0.57 (at 299th DIM) for RdFS. Those moderate to high daily heritabilities indicated potential of selection for both traits. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailPotentiel d'utilisation de la spectrometrie moyen infrarouge pour prédire le rendement fromager du lait et étudier sa variabilité génétique
Colinet, Frédéric ULg; Troch, Thibault ULg; Abbas, O. et al

in 20èmes Rencontres Recherches Ruminants, Paris, les 4 et 5 Décembre 2013 (2013, December)

Fournir une indication rapide, fiable et bon marché du rendement fromager pour un lait donné, sans devoir appliquer des formules (empiriques ou théoriques) à partir des concentrations préalablement ... [more ▼]

Fournir une indication rapide, fiable et bon marché du rendement fromager pour un lait donné, sans devoir appliquer des formules (empiriques ou théoriques) à partir des concentrations préalablement déterminées pour différents constituants du lait, serait un outil utile et économiquement intéressant tant pour les éleveurs que pour l’industrie laitière. En vue d’étudier la variabilité génétique du rendement fromager à l’échelle du cheptel bovin wallon, des méthodes chimiométriques ont été utilisées afin de développer des équations de prédictions basées sur des spectres moyen infrarouge (MIR) pour les rendements fromagers déterminés en laboratoire et exprimés en frais (RdFF) ou en sec (RdFS). Ceux-ci ont été déterminés sur 258 échantillons de lait analysés en spectrométrie MIR. Les équations de prédiction à partir du spectre MIR du lait ont été développées en utilisant la régression des moindres carrés partiels (PLS) avec une validation croisée interne appliquée sur la dérivée première des spectres MIR. Les coefficients de détermination de validation croisée (R²cv) des équations étaient de 0,81 pour les prédictions du RdFF et de 0,82 pour les celles du RdFS. Les rapports des performances sur les variabilités (RPD) étaient égaux à 2,3. Ces résultats peuvent permettre d’envisager une bonne utilité pratique pour leur prédiction respective, notamment dans le cadre de recherches génétiques. Ces équations ont été appliquées sur la base de données spectrales générée dans le cadre du contrôle laitier wallon. Les composantes de la variance ont été estimées séparément pour le RdFF et le RdFS basées sur un modèle animal « contrôles élémentaires » utilisant des régressions aléatoires. Le jeu de données utilisé comportait 51 537 prédictions pour 7 870 vaches primipares Holstein. Les héritabilités journalières moyennes variaient entre 0,31 (au 5ème jour de lactation (JDL)) et 0,59 (au 279ème JDL) pour le RdFF et entre 0,31 (au 5ème JDL) et 0,57 (au 299ème JDL) pour le RdFS. Ces héritabilités journalières modérées à élevées ont indiqué le potentiel de sélection génétique pour ces deux caractères. [less ▲]

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See detailNew tools for the dairy sector based on MIR and NIR spectroscopy
Grelet, Clément; Dehareng, Frédéric; Vanlierde, Amélie ULg et al

Conference (2013, November 05)

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See detailMid-infrared prediction of cheese yield from milk and its genetic variability in first-parity cows
Colinet, Frédéric ULg; Troch, Thibault ULg; Vanden, Bossche et al

Conference (2013, August 29)

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See detailUse of visible-near infrared spectroscopy to determine cheese properties
Troch, Thibault ULg; Vanden Bossche, Sandrine; De Bisschop, Céline et al

in Book of Abstracts of the 64th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (2013, August)

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See detailMid-infrared prediction of cheese yield from milk and its genetic variability in first-parity cows
Colinet, Frédéric ULg; Troch, Thibault ULg; Vanden Bossche, Sandrine et al

in Book of Abstracts of the 64th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (2013, August)

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See detailDevelopment of a genomic evaluation for milk production for a local bovine breed
Colinet, Frédéric ULg; Vandenplas, Jérémie ULg; Faux, Pierre ULg et al

in Book of Abstracts of the 64th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (2013, August)

Detailed reference viewed: 23 (9 ULg)
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See detailCombination of genotype, pedigree, local and foreign information
Vandenplas, Jérémie ULg; Colinet, Frédéric ULg; Gengler, Nicolas ULg

in Book of Abstracts of the 64th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (2013, August)

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See detailUse of visible-near infrared spectroscopy to determine cheese properties
Troch, Thibault ULg; Vanden Bossche, Sandrine; De Bisschop, Céline et al

Poster (2013, August)

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Peer Reviewed
See detailDirect use of MACE EBV in the Walloon single-step Bayesian genomic evaluation system
Vandenplas, Jérémie ULg; Colinet, Frédéric ULg; Faux, Pierre ULg et al

in Journal of Dairy Science (2013, July), 96(E-Supplement),

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See detailUse of VIS- and nir-infrared spectroscopy to determine cheese properties
Troch, Thibault ULg; Vanden Bossche, Sandrine; De Bisschop, Céline et al

Poster (2013, June)

Cheese processing is one of the possibilities of farm diversification. From 30 cow milks were made 60 cheeses on which several parameters were measured and on which NIR spectra were obtained. Our results ... [more ▼]

Cheese processing is one of the possibilities of farm diversification. From 30 cow milks were made 60 cheeses on which several parameters were measured and on which NIR spectra were obtained. Our results show that cheese spectra could be discriminated between different ripening times of cheeses and the access to pasture or not for the animals which had produced the milk from which the cheese was made. Moreover, highly significant correlations were obtained for the color and the texture of cheeses between the values measured in the laboratory and the NIR spectra. [less ▲]

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See detailEtude de la variabilité des aptitudes à la transformation laitière en Région wallonne basée sur l'utilisation de la spectrométrie infrarouge
Colinet, Frédéric ULg; Troch, Thibault ULg; Vanden Bossche, S. et al

in 18ième Carrefour des Productions animales : Nouvelles approches pour une optimisation de nos élevages laitiers (2013, February)

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See detailL'intérêt des races mixtes dans les systèmes laitiers : enseignements du projet BlueSel
Muchembled, A.; Beguin, E.; Glorieux, G. et al

in 18ième Carrefour des Productions animales : Nouvelles approches pour une optimisation de nos élevages laitiers (2013, February)

La « Bleue Mixte » (BM) est une race à petit effectif localisée de part et d’autre de la frontière franco-belge. Menacée de disparition, elle bénéficie d’un projet transfrontalier BlueSel soutenu par le ... [more ▼]

La « Bleue Mixte » (BM) est une race à petit effectif localisée de part et d’autre de la frontière franco-belge. Menacée de disparition, elle bénéficie d’un projet transfrontalier BlueSel soutenu par le programme européen INTERREG IV et les autorités françaises et wallonnes. L’objectif de ce projet est d’assurer la conservation, la sélection et la promotion de la BM. L’un des volets du programme a consisté à étudier la rentabilité économique des troupeaux BM. Il s’est appuyé sur un réseau de 16 fermes de références mis en place fin 2008 jusque mi 2012. La collecte des données techniques et économiques sur les 4 années comptables de 2007 à 2010 a reposé sur la méthodologie mise en oeuvre au sein du dispositif français des Réseaux d’élevage. Les exploitations BM ont été regroupées selon deux systèmes, herbivore et polyculture-élevage, et comparées aux exploitations laitières Prim’Holstein (PH) du Réseau d’élevage de Nord-Picardie. Les résultats démontrent la capacité des éleveurs de vaches BM à obtenir de bonnes performances économiques malgré de plus faibles productivité laitière (4225 l/VL) et taux (3,70 % de MG et 3,22 % de protéines), et un moindre prix du lait, grâce notamment à une conduite de troupeaux bien maîtrisée, des surfaces fourragères très bien valorisées, et la mixité lait-viande très affirmée de la race qui atténue les fluctuations du prix du lait. En système herbivore, les exploitations BM s’avèrent économes et autonomes avec une excellente valorisation des prairies. En système de polyculture-élevage, les troupeaux sont conduits de façon à peine plus intensive qu’en système herbivore, contrairement aux troupeaux PH. [less ▲]

Detailed reference viewed: 33 (7 ULg)