References of "Adolphe, Ysabelle"
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Peer Reviewed
See detailValidation de la qualité de la viande hachée de porc par une approche métagénomique ciblée
Taminiau, Bernard ULg; Nezer, Carine; Adolphe, Ysabelle ULg et al

Conference (2012, November 13)

Food products represent great biotopes for bacteria. The optimization of foodstuffs conservation pass by a better understanding of those biotopes and their spoilage. The current techniques of new ... [more ▼]

Food products represent great biotopes for bacteria. The optimization of foodstuffs conservation pass by a better understanding of those biotopes and their spoilage. The current techniques of new generation sequencing give a new dimension to the microbial ecology, through the metagenomic analysis of individuals' large number, within a mixed microbial population. Our aim is to demonstrate that this methodology can be successfully applied to the validation of the quality of foodstuffs during storage. This study was carried out on pork minced meat with shelf-life tests in various conditions of preservation (temperature and packaging). The analysis was performed in parallel with standardized microbiological methods and with massive sequencing of two hypervariables regions of the rDNA 16S. The results show an excellent correlation between the two approaches and underline the tremendous utility of metagenomic analysis for in-depth characterization of the potential altering bacteria in fresh meat. [less ▲]

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See detailL’analyse métagénomique ciblée au service de la microbiologie des aliments : applications concrètes
Taminiau, Bernard ULg; Nezer, Carine; Delhalle, Laurent ULg et al

Conference (2012, September 21)

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See detailMetagenomic analysis as a tool to better characterize the bacterial content of food and food preparations.
Taminiau, Bernard ULg; Delhalle, Laurent ULg; Nezer, Carine et al

Conference (2012, September 04)

Metagenomic analysis is a new culture-independent approach for assigning a taxonomic, genic or functional identity to bacterial DNA fragments of unknown origin. Its power and utility is increasingly ... [more ▼]

Metagenomic analysis is a new culture-independent approach for assigning a taxonomic, genic or functional identity to bacterial DNA fragments of unknown origin. Its power and utility is increasingly rising thanks to the next generation sequencing techniques. It is now mature and cheap enough to be transposed to more applied fields like the food microbiology. We demonstrated in several studies the extraordinary potential of the targeted metagenomic analysis to different problematics related to food products. First, this approach is highly useful for the validation of the shelf life of food products. We analyzed standardized pork minced meat and meat product samples packaged either under modified atmosphere (MAP - 30% CO2, 70% O2) or under permeable atmosphere packaging, stored at different temperature (4°C, 4-8°C and 12°C) until the end of shelf-life. The metagenomic analysis allowed to identify species of all the sub-dominant bacterial populations. This approach showed why MAP can improve meat quality by favoring certain species rather than others. As a second example, we sought to identify the potential spoiling bacteria in several food products like raw fish, rind cheese or vacuum packed beef meats in order to illustrate the usefulness of metagenomics for the quality control of food preparations. Samples from various food matrices were screened to identify the bacterial contaminants. We combined the bioinformatics analysis with a classical approach to generate effective quantitative data for the various bacterial populations detected. This analysis characterizes the samples both on the identity of the potential spoiling bacteria present and on the quantification level of the contaminants. Finally, the metagenomic analysis reveals the presence of numerous uncultured and uncharacterized bacteria. The use of a carefully designed analysis pipeline has been used to ensure to label the bacterial population with a precise taxonomic identity and to determine whether the targeted population corresponds to a known species or not. This way, even if the nearest known homologous sequence is an environmental sample, its relatedness to known species can be deduced. This represents a new tool to trace yet uncharacterized food spoiling bacteria. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailLes modèles de microbiologie prévisionellepour la maitrise de la sécurité des aliments (synthèse bibliographique)
Delhalle, Laurent ULg; Daube, Georges ULg; Adolphe, Ysabelle ULg et al

in Biotechnologie, Agronomie, Société et Environnement = Biotechnology, Agronomy, Society and Environment [=BASE] (2012), 16(3), 369-381

Predictive microbiology aims to predict the evolution of microorganisms in foods with mathematical models. Several models have been published and the complexity of some of them makes their use difficult ... [more ▼]

Predictive microbiology aims to predict the evolution of microorganisms in foods with mathematical models. Several models have been published and the complexity of some of them makes their use difficult for the uninitiated. However, the use of this discipline will become widespread in coming years. These models provide, for example, additional tools to ensure the microbiological safety of food, to establish the contamination flow in a food chain, to develop and to assist the quality assurance systems. The development of new computer software and database will enable stakeholders in the food chain to have a better control of microbiological hazards. The aim of this summary is to give an overview of existing models of predictive microbiology and their applications. A first approach of the primary, secondary and tertiary models is given. The modelling of latency, integrated models and growth tests are also discussed. [less ▲]

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See detailThe Metagenomic in the Service of the Food Microbiology.
Taminiau, Bernard ULg; Nezer, Carine; Poullet, Jean-Baptiste et al

Poster (2012, July 23)

Introduction: Food products represent great biotopes for bacteria. The optimisation of foodstuffs conservation, mattering so economically as from the point of view of the public health, pass by a better ... [more ▼]

Introduction: Food products represent great biotopes for bacteria. The optimisation of foodstuffs conservation, mattering so economically as from the point of view of the public health, pass by a better understanding of those biotopes and their spoilage. Microbiologists had already tried to resolve this problem throughout several approaches. Studies based on classical microbiology cultures were completed by strategies centred on approaches independent from the microbiological culture. Purpose: The current techniques of new generation sequencing give a new dimension to the microbial ecology, through the metagenomic analysis of individuals' large number, within a mixed microbial population. Our aim is to demonstrate that this methodology can be successfully applied to the study of foodstuffs microbial flora, and can be adapted to the specific requirements of food microbiology. Methods: This study was carried out on pork's minced meat and white sausage, with shelf-life tests in various conditions of preservation (temperature and packaging). The rDNA 16S was extracted from the original products and samples in the best-before date and, after standardization, hypervariable regions V5 were sequenced. Results: A total about 130.000 sequences were obtained and a metagenomic analysis succeeded in the taxonomic classification to the genus level for 80 % of this population. The subsequent analysis of microbial populations shows that the majority microbial populations at the expiration date are the same ones which are generally observed during microbiological analysis of these meat products. However, the population subdominants and especially several populations of not cultivable germs were able to be identified. These groups of bacteria, more difficult to obtain by the other methods, must be studied because they participate in the spoilage process of food products. Significance: The sensibility of this technology makes possible the analysis of foodstuffs presenting a very low microbial rate and, thus, allows the identification of the microbial contaminants before they grow the levels detected by cultural methods. [less ▲]

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See detailL’analyse métagénomique ciblée au service de la microbiologie des aliments : applications concrètes
Taminiau, Bernard ULg; Nezer, Carine; Delhalle, Laurent ULg et al

Conference (2012, May 23)

La métagénomique est une discipline récente qui s’attache à attribuer une identité, taxonomique, génique ou fonctionnelle, à des fragments d’ADN d’origine inconnue. Son développement et son utilité ... [more ▼]

La métagénomique est une discipline récente qui s’attache à attribuer une identité, taxonomique, génique ou fonctionnelle, à des fragments d’ADN d’origine inconnue. Son développement et son utilité bénéficient grandement de l’essor des techniques de séquençage de seconde génération permettant d’obtenir d’un échantillon de grandes quantités de séquences d’ADN. L’écologie microbienne et la santé intestinale sont les thématiques ayant le plus approfondi la métagénomique et les possibilités qu’elle offre, mais d’autres domaines peuvent grandement bénéficier de cette nouvelle façon d’investiguer les flores microbiennes. Cette étude démontre, à travers plusieurs exemples concrets, que cette méthodologie peut rapidement être adaptée aux exigences spécifiques de la microbiologie des aliments. En effet, les denrées alimentaires périssables, comme la viande et les préparations à base de viande, représentent des biotopes de choix pour les bactéries. L’optimisation de la conservation de ces denrées, importante tant du point de vue économique que de la santé publique, passe par une meilleure connaissance de l’évolution de ces flores et des processus de détérioration des qualités du produit. Les microbiologistes ont depuis longtemps abordé ce problème en utilisant différentes approches dépendantes ou non de la culture microbienne, mais à petite échelle. L’analyse métagénomique est donc une rupture technologique qui allie analyse à grande échelle et large spectre. Un premier exemple a permis de démontrer la capacité de l’analyse métagénomique à identifier les populations bactériennes sous-dominantes dans des produits de viande (viande hachée de porc et boudin blanc). La sensibilité de l’analyse effectuée permet d’identifier les populations microbiennes dès la sortie de production et de comprendre leurs évolutions en fonction de différentes conditions de conservation lors de tests de vieillissement. De plus, la possibilité d’utiliser des échantillons standardisés a servi à comparer plusieurs zones hypervariables de l’ARNr 16S ainsi que d’étudier la reproductibilité de l’analyse. Ensuite, l’impact de la conservation sous-vide de longue durée de la viande bovine a été investigué pour des échantillons d’origines diverses. L’analyse a révélé des différences très marquées malgré un conditionnement apparemment identique. Enfin, nous avons exploré la capacité de cette méthodologie à identifier les bactéries potentiellement responsables d’altérations dans trois matrices alimentaires : le steak tartare, le poisson cru et le fromage. Si l’identification des germes à large spectre est actuellement efficace et reproductible comme nous l’avons démontré ; plusieurs axes de recherche restent à approfondir pour améliorer son utilité dans l’industrie agro-alimentaire. Parmi ceux-ci, il y a la capacité à transposer cette méthodologie pour d’autres micro-organismes comme les moisissures et les champignons, la détermination du degré de profondeur d’analyse utile en fonction du but recherché, et enfin, l’organisation de la manne d’informations qui sont générées par la métagénomique. [less ▲]

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See detailLa métagénomique au service de la microbiologie alimentaire : étude de l’évolution des populations microbiennes lors du vieillissement de deux matrices alimentaires
Taminiau, Bernard ULg; Nezer, Carine; Poullet, Jean-Baptiste et al

Conference (2011, November 17)

La viande et les préparations à base de viande représentent des biotopes de choix pour les bactéries. L’optimisation de la conservation de ces denrées, importante tant du point de vue économique que de ... [more ▼]

La viande et les préparations à base de viande représentent des biotopes de choix pour les bactéries. L’optimisation de la conservation de ces denrées, importante tant du point de vue économique que de santé publique passe par une meilleure connaissance de ces biotopes et des processus de détérioration de leurs qualités. Les microbiologistes ont depuis longtemps abordé ce problème en utilisant différentes approches. Ainsi, les études basées sur les méthodes de culture ont été complétées par des stratégies axées sur des approches indépendantes de la culture microbiologique. Les techniques actuelles de séquençage de nouvelle génération ont permis de donner une nouvelle dimension à l’écologie microbienne à travers l’analyse métagénomique d’un grand nombre d’individus au sein d’une population microbienne mixte. Notre propos est de démontrer que cette méthodologie peut être appliquée avec succès à l’étude des flores microbiennes des denrées alimentaires et pourra être adaptée, à court terme, aux exigences spécifiques de la microbiologie alimentaire. Dans cette étude, un produit de viande crue et une préparation de viande cuite, la viande hachée de porc et le boudin blanc, ont subi un test de vieillissement dans différentes conditions de conservation (Température et packaging). L’ADN ribosomal 16S a été extrait des produits originaux et des échantillons à la date limite de consommation et, après normalisation, les régions hypervariables V5 et V6 de l’ADN 16S ont été séquencées. Un total d’environ 130.000 séquences ont été obtenues et une analyse métagénomique a abouti à la classification taxonomique au genre pour 80% de cette population. L’analyse subséquente des populations microbiennes montre que les populations microbiennes majoritaires à la date limite de conservation sont bien celles qui sont généralement observées lors d’analyse microbiologiques de ces produits de viande. Toutefois, les populations sous-dominantes et surtout plusieurs populations de germes non cultivables ont pu être identifiée. Ces groupes de bactéries, plus difficile à obtenir par d’autres méthodes (culture-dépendante et indépendante confondues), doivent être étudiées car elles participent aux processus de détériorations de ces matrices alimentaires. Enfin, la sensibilité de cette technologie rend possible l’analyse des denrées alimentaires présentant un taux microbien très faible et permet donc l’identification des contaminants microbiens avant leur développement. [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailA new tool to control meat products safety: a web based application of predictive microbiology models
Delhalle, Laurent ULg; Adolphe, Ysabelle ULg; Crevecoeur, Sébastien ULg et al

Conference (2011)

Predictive microbiology is considered by the European legislation as a tool to control food safety. Meat and meat products are particularly sensitive to contamination with pathogens. However, development ... [more ▼]

Predictive microbiology is considered by the European legislation as a tool to control food safety. Meat and meat products are particularly sensitive to contamination with pathogens. However, development of predictive microbiology models and interpretation of results require specific knowledge. A free web based model has been developed for an easy use by people who are not experts in this field as industries and public authorities. The model can simulate the growth of Salmonella spp, Listeria monocytogenes and Escherichia coli O157 in minced pork meat and on pork meat product (white pudding) under different environmental conditions. The model provides simulations under static or dynamic conditions over time. The user also has the opportunity to import the specific growth rate and cardinal parameters of a bacterium. Unlike polynomial models currently available, this free web access model is distinguished by the use of secondary square roots and primary logistic model with delay. This model permits to have a real time process management, to prospect new formulation for safer products or to design safer processes, to estimate the shelf life of a food product, etc [less ▲]

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Peer Reviewed
See detailDéveloppement d'un modèle tertiaire pour la prédiction de la croissance de Listeria monocytogenes et Salmonella spp. dans la viande hachée de porc
Delhalle, Laurent ULg; Adolphe, Ysabelle ULg; Jasick, Adeline ULg et al

in Viandes et Produits Carnés (2010), Hors-série

Tertiary models are proposed in order to predict the growth of Listeria monocytogenes and Salmonella spp. in pork minced meat packaged under stretch film. The models have been calculated from challenge ... [more ▼]

Tertiary models are proposed in order to predict the growth of Listeria monocytogenes and Salmonella spp. in pork minced meat packaged under stretch film. The models have been calculated from challenge-tests at 8°C (L. monocytogenes) and 12°C (Salmonella), the meat being artificially contaminated at 2 log cfu pathogen/g. In a second step, they have been validated at 5, 8 and 10°C for L. monocytogenes (r² : 0.94, 0.98 and 0.95) and 8, 10 and 12°C for Salmonella (r³ : 0.80, 0.92 and 0.98). [less ▲]

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